Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 367,441 | A→G | D106D (GAT→GAC) | mhpR ← | transcriptional regulator for mhp operon |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 367,441 | 0 | A | G | 99.6% | 850.4 / ‑5.2 | 267 | D106D (GAT→GAC) | mhpR | transcriptional regulator for mhp operon |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (155/111); total (155/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GCCCAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTATCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTC > NC_000913/367351‑367530 | gCCCAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtc > 1:4312739/1‑93 (MQ=255) gCCCAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtc > 2:2826528/1‑93 (MQ=255) cccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtca < 1:1631876/93‑1 (MQ=255) ccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcat > 1:5236534/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcat < 1:4847556/93‑1 (MQ=255) ccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcat < 1:3306343/93‑1 (MQ=255) ccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcat < 2:5715071/93‑1 (MQ=255) cagcagTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATGCACTGGTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAGTTGCCGCACTTTGATGGTCAGGCGAAAGCTgtcatc > 1:2232081/1‑93 (MQ=255) cagcagTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcatc > 1:1011437/1‑93 (MQ=255) cagcagTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcatc > 2:6966674/1‑93 (MQ=255) cagTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGa < 1:5545221/93‑1 (MQ=255) cagTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGa < 2:6780865/93‑1 (MQ=255) agTGTGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCGCTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAg < 2:3202012/93‑1 (MQ=255) agTGGGGCCGGCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAg < 2:2076469/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |