| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,353,950 | A→G | T562A (ACC→GCC) | gltB → | glutamate synthase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,353,950 | 0 | A | G | 99.7% | 894.3 / ‑5.2 | 286 | T562A (ACC→GCC) | gltB | glutamate synthase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (148/137); total (148/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
ATTATTTACGACTACTTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCACCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCAGGCGCACCGTTTAAGCTTTAAATCGCCGATTCTGCTCTACTCC > NC_000913/3353860‑3354039 | attattTACGCCTACTCCCGCCGGCATTTTGCCCAGTGGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCgccgcc < 1:6381120/93‑1 (MQ=255)attattTACGACTACTTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCgccgcc > 2:5002858/1‑93 (MQ=255)attattTACGACTACTTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCgccgcc > 2:2392079/1‑93 (MQ=255) ttattTACGACTACTTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGccgcca > 1:5061852/1‑93 (MQ=255) ttattTACGACTACTTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGccgcca > 2:5324023/1‑93 (MQ=255) tattTCCGACTACTCCCGCCAGCAGTTGGCCCAGGTGACTACCCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAg < 2:5174162/93‑1 (MQ=255) tattTACGACTACTTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAg > 2:2982270/1‑93 (MQ=255) tattTACGACTACTTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAg < 2:233724/93‑1 (MQ=255) tttACGACTACTTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTa < 1:4171828/93‑1 (MQ=255) ttACGCCTCCTCCCGCCAGCATTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTAt < 2:7723404/93‑1 (MQ=255) ttACGACTACTTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTAt > 2:6774098/1‑93 (MQ=255) ttACGACTACTCCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTAt < 2:3530532/93‑1 (MQ=255) tACGCCTCCTCCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATc < 2:5749695/93‑1 (MQ=255) ctgctTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCg < 1:2881963/90‑1 (MQ=255) ctactTCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCg > 1:2535104/1‑93 (MQ=255) ctcccGCAAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGa < 1:3223576/90‑1 (MQ=255) ttCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGaa > 1:5709522/1‑93 (MQ=255) tCCGCTAGCAGTTGCCCAAGGTCACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGaaa < 1:4769484/93‑1 (MQ=255) tCCGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGaaa < 1:3400300/93‑1 (MQ=255) cGCCAGCAGTTTGCCCAGGTGCCTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATg < 2:2798688/93‑1 (MQ=255) gCCAGCAGTTTGGCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGa > 1:2787601/1‑93 (MQ=255) gCCAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGa > 1:1946319/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGTTTGCCCGGGGGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCACCAGTATCGGTCGTGAAATGaa < 1:977926/93‑1 (MQ=255) ccAGCAGTTTGCCCAGGTGACTACCCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGaa < 1:208924/93‑1 (MQ=255) ccAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGaa > 2:4578446/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGaa > 1:438886/1‑93 (MQ=255) gcagTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAGTGAACgc > 1:1088332/1‑92 (MQ=255) gcagTTTGCCAAGGTGACTACCCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGt < 1:3982008/93‑1 (MQ=255) gagTTCGCCCGCGCGACTGACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCACATGTTATGTCGCTCCCCTCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTc < 2:221297/92‑1 (MQ=255) cagTTTTCTCAGGTGACAAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTc < 2:4141145/93‑1 (MQ=255) gTTTGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCtt > 1:4080414/1‑93 (MQ=255) gTTTCCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCtt < 1:4961657/93‑1 (MQ=255) tttGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCttt < 2:7774800/93‑1 (MQ=255) tttGCCCAGGTGACCAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCttt < 1:2596922/93‑1 (MQ=255) ttGCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCtttt > 1:683698/1‑93 (MQ=255) gCCCAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGc > 1:5588651/1‑93 (MQ=255) ccAGTTGCCTACCCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGa < 1:3168849/93‑1 (MQ=255) ccAGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGa < 2:4894759/93‑1 (MQ=255) aGGTGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCAGCCAGTATCGGTCGTGAAATGCACGTCTTTTGCGCAg > 1:5254209/1‑93 (MQ=255) ggTCACTACCCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGc < 2:1177970/93‑1 (MQ=255) gTGACCACCCCGCCAATCGCCCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCa < 1:1517994/93‑1 (MQ=255) tGACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCag > 2:4078966/1‑93 (MQ=255) gccTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCaga < 2:6292315/91‑1 (MQ=255) gACTACCCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCaga < 1:6919688/93‑1 (MQ=255) gACTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCaga < 1:187572/93‑1 (MQ=255) cTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAgg < 1:4147994/93‑1 (MQ=255) cTAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAgg > 1:373613/1‑93 (MQ=255) tAACCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAggg > 2:1796665/1‑93 (MQ=255) accccGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGc < 1:539728/91‑1 (MQ=255) aaCCCGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGc < 2:2588483/93‑1 (MQ=255) cccGCCAATCGGCCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCa < 1:2322590/93‑1 (MQ=255) cccGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCa < 2:6967949/93‑1 (MQ=255) ccGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCAg > 1:7317299/1‑93 (MQ=255) ccGCCAATCGACCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCAg > 2:1317796/1‑93 (MQ=255) 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aCCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCAGGCGCACCGtt > 2:5895987/1‑93 (MQ=255) aCCCGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCAGGCGCACCGtt > 1:7721583/1‑93 (MQ=255) ccGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGGCGCCAGGATCGGTCGTGGAATGAAGGGCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCAGGCGCACCGATTa > 2:1626081/1‑93 (MQ=255) ccGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCAGGCGCACCGTTTa < 1:7184211/93‑1 (MQ=255) cGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCAGGCGCACCGTTTaa > 1:7409393/1‑93 (MQ=255) cGCTGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAAGGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCAGGCGCACCGTTTaa < 2:6444796/93‑1 (MQ=255) cggCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTATGCGAAGCAGAGGGCCAGGCGCACCGTTTAAGc > 1:7022232/3‑93 (MQ=255) tGCGTGAAGCGCATGTTATGTCGCTCGCCGCCAGTATCGGTCGTGAAATGAACGTCTTTTGCGAAGCAGAGGGCCAGGCGCACCGTTTAAGCt > 2:7882633/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |