| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 369,844 | A→G | H115R (CAC→CGC) | mhpB → | 2,3‑dihydroxyphenylpropionate 1,2‑dioxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 369,844 | 0 | A | G | 99.2% | 811.1 / ‑4.0 | 264 | H115R (CAC→CGC) | mhpB | 2,3‑dihydroxyphenylpropionate 1,2‑dioxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (138/124); total (139/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
CCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGCCACGCCGC > NC_000913/369754‑369933 | ccGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACcgcg > 2:38445/1‑93 (MQ=255)ccGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACcgcg < 1:192645/93‑1 (MQ=255) cGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCgg < 2:2564031/93‑1 (MQ=255) gTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCggg < 2:4810762/93‑1 (MQ=255) tGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGt > 2:4958276/1‑93 (MQ=255) tGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGt < 1:3808558/93‑1 (MQ=255) tGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGt > 1:6854711/1‑93 (MQ=255) tGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGt > 2:6100845/1‑93 (MQ=255) tGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGt < 2:814153/93‑1 (MQ=255) ggCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGGTCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGt > 2:4732027/2‑93 (MQ=255) ccTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTc < 1:2695318/93‑1 (MQ=255) tgtgGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGc > 1:2802072/1‑93 (MQ=255) gtgGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGcc > 1:1859460/1‑93 (MQ=255) tgGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGccc > 2:3776257/1‑93 (MQ=255) ggAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGGTCGCCCa > 1:2043204/1‑93 (MQ=255) aGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGc < 2:5901990/93‑1 (MQ=255) aGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGc < 2:6718959/93‑1 (MQ=255) gCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGcc < 1:879591/93‑1 (MQ=255) gCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGcc < 2:5319936/93‑1 (MQ=255) cGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTgg > 1:5523458/1‑93 (MQ=255) ggAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGa > 1:5287540/1‑93 (MQ=255) gAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAg < 1:2197247/93‑1 (MQ=255) ggCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGtt < 1:1758477/93‑1 (MQ=255) ggCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGtt > 2:2368331/1‑93 (MQ=255) gCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTc < 1:6367622/93‑1 (MQ=255) ccTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTcc < 1:1193048/93‑1 (MQ=255) ccTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTcc < 2:1422740/93‑1 (MQ=255) cTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCt > 2:274475/1‑93 (MQ=255) tgtgCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTGTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTg < 2:7326847/93‑1 (MQ=255) tgtgCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCgg < 2:1692888/68‑1 (MQ=255) tgtgCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTg > 1:493267/1‑93 (MQ=255) tgtgCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTg > 1:3954950/1‑93 (MQ=255) tgtgCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTg > 2:5085147/1‑93 (MQ=255) gtgCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGc < 2:5749717/93‑1 (MQ=255) gtgCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTATATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGc < 2:3073754/93‑1 (MQ=255) tgCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCt < 1:825255/93‑1 (MQ=255) cATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGt < 2:1228581/93‑1 (MQ=255) cATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGt < 2:6155278/93‑1 (MQ=255) cATGCCGTCAGGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGt < 1:6630032/93‑1 (MQ=255) cATGCCGCCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGt < 1:5629971/93‑1 (MQ=255) tGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTgg < 2:7448358/93‑1 (MQ=255) tCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTgg > 1:7904776/1‑93 (MQ=255) cATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGa < 2:782095/93‑1 (MQ=255) tGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATa < 2:2258163/93‑1 (MQ=255) aaGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAg < 1:2379716/93‑1 (MQ=255) agagCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAgg < 2:4025230/93‑1 (MQ=255) agagCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAgg > 1:4162599/1‑93 (MQ=255) gagCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAggg > 2:2829230/1‑92 (MQ=255) gagCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGt < 1:2280384/93‑1 (MQ=255) gagCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGt < 2:7076648/93‑1 (MQ=255) gagCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGt < 1:7426408/93‑1 (MQ=255) cGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGcc < 2:6372605/93‑1 (MQ=255) ggATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAg > 1:4383743/1‑93 (MQ=255) atcgatcTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGtt > 1:1468648/1‑93 (MQ=255) tcgatcTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTc < 2:3697545/93‑1 (MQ=255) tcgatcTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTc < 1:3321260/93‑1 (MQ=255) cgatcTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCt < 2:5225027/93‑1 (MQ=255) gatcTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTg > 2:5604205/1‑93 (MQ=255) gatcTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTg > 2:3669178/1‑93 (MQ=255) tcTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGCCCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGCGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGcc > 1:6334780/1‑93 (MQ=255) tcTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGcc < 2:6513756/93‑1 (MQ=255) tcTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGcc < 2:6910783/93‑1 (MQ=255) ttGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTTCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCtg > 1:5851547/1‑93 (MQ=255) ttGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCtg < 2:418741/93‑1 (MQ=255) ttGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCtg > 2:3200689/1‑93 (MQ=255) ttGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGGGCCAGTTCTGCCtg > 1:4256529/1‑93 (MQ=255) ccGTTTCTTACTTTATGCAGGTGGCCCGCGGGTTCCCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTgtgt < 2:6632390/93‑1 (MQ=255) ccGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTgtgt > 1:3747305/1‑93 (MQ=255) cGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGtt > 1:3619693/1‑93 (MQ=255) gTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTtc > 1:4566863/1‑93 (MQ=255) 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gaTGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGgtgt < 1:765721/92‑1 (MQ=255) aTGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTc > 2:7371361/1‑93 (MQ=255) tGCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCg > 1:5743313/1‑93 (MQ=255) gCAGGTGGACCGGGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTGGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGc < 1:7520500/93‑1 (MQ=255) gCAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGc < 2:1282883/93‑1 (MQ=255) cAGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGcc < 1:6085658/93‑1 (MQ=255) aGGTGGACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGCCa < 1:5438399/93‑1 (MQ=255) gggggACCGCGGGTTCGCCCAGCCGCGGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGGTCATCAACGGGGTCGCCAc > 2:7001247/4‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |