| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,509,089 | T→C | N5S (AAC→AGC) E225E (GAA→GAG) |
yhfY ← yhfZ ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,509,089 | 0 | T | C | 99.7% | 1198.2 / NA | 379 | N5S (AAC→AGC) E225E (GAA→GAG) | yhfY yhfZ | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (219/159); minor base A (1/0); total (220/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
CCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATC > NC_000913/3508999‑3509178 | cTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTcc > 1:4802355/1‑93 (MQ=255) tttGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCt > 1:5651713/1‑93 (MQ=255) tttGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCt < 1:6768222/93‑1 (MQ=255) ttGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTg < 2:6274867/93‑1 (MQ=255) gCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGtt > 1:1220854/1‑93 (MQ=255) gCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGtt < 2:413927/93‑1 (MQ=255) 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tCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcact > 1:7763611/1‑93 (MQ=255) ccTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcactc > 2:6231018/1‑93 (MQ=255) cTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcactca > 2:385993/1‑93 (MQ=255) ttATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCcactcac > 1:366218/1‑93 (MQ=255) tCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTAc > 1:6864332/1‑93 (MQ=255) aaTAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCCCTAcac > 1:4701075/1‑91 (MQ=255) aCGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCgttg > 1:4557336/1‑93 (MQ=255) aCGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCgttg > 2:3316245/1‑93 (MQ=255) 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ctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGGCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATggg < 2:2519743/93‑1 (MQ=255) ctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATggg > 1:6048414/1‑93 (MQ=255) ctCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATggg > 1:4129300/1‑93 (MQ=255) tCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGc > 1:6443247/1‑93 (MQ=255) cGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCg > 2:777308/1‑93 (MQ=255) gCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGa > 1:5334974/1‑93 (MQ=255) gCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGa > 1:4367680/1‑93 (MQ=255) aaaGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGc < 2:5348972/93‑1 (MQ=255) aaGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCa < 2:4806086/93‑1 (MQ=255) aaGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCa < 1:6599490/93‑1 (MQ=255) aaGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCa < 2:2089564/93‑1 (MQ=255) aGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAg < 2:7123332/93‑1 (MQ=255) aGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAg > 1:1683908/1‑93 (MQ=255) gCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAgg < 1:7478823/93‑1 (MQ=255) gCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAgg > 2:6590388/1‑93 (MQ=255) gCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGCTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAgg < 1:5141261/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |