Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 405,539 | A→G | intergenic (+93/‑90) | yaiI → / → aroL | hypothetical protein/shikimate kinase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 405,539 | 0 | A | G | 99.7% | 991.1 / NA | 307 | intergenic (+93/‑90) | yaiI/aroL | hypothetical protein/shikimate kinase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (167/139); minor base T (0/1); total (167/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACG > NC_000913/405449‑405628 | gTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCa > 2:7493701/1‑93 (MQ=255) tAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCaa < 2:696371/93‑1 (MQ=255) aaTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAAt < 2:6791813/93‑1 (MQ=255) aaTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAAt > 1:7266586/1‑93 (MQ=255) aTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATc < 2:7609836/93‑1 (MQ=255) aTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATc < 2:3011381/93‑1 (MQ=255) 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ttCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGAt > 2:1501445/1‑93 (MQ=255) ttCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGAt > 1:5705662/1‑93 (MQ=255) tCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATg > 1:5722202/1‑93 (MQ=255) cTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTTTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATgg > 2:2270259/1‑93 (MQ=255) cTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATgg > 1:2604751/1‑93 (MQ=255) ttGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGt > 1:5814017/1‑93 (MQ=255) ttGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGt > 2:1675139/1‑93 (MQ=255) gAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTAt < 2:5845917/93‑1 (MQ=255) 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tAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTa < 1:6555151/93‑1 (MQ=255) aaGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTAt > 1:273524/1‑93 (MQ=255) aaGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTAt < 2:6998819/93‑1 (MQ=255) aGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTAtt > 2:523901/1‑93 (MQ=255) aGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTAtt < 1:7247735/93‑1 (MQ=255) aGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTAtt < 2:3829500/93‑1 (MQ=255) tGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTgg > 2:3609408/1‑93 (MQ=255) tGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTgg > 2:6460730/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |