| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 419,492 | T→C | R226R (CGT→CGC) | brnQ → | branched chain amino acid transport system II carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 419,492 | 0 | T | C | 99.7% | 901.3 / ‑5.2 | 290 | R226R (CGT→CGC) | brnQ | branched chain amino acid transport system II carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (161/128); total (162/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTG > NC_000913/419402‑419582 | cATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCta > 1:4425936/1‑93 (MQ=255)cATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCta > 1:3585754/1‑93 (MQ=255)cATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACACGCta < 1:3428490/93‑1 (MQ=255) aTGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCtat > 1:6051610/1‑93 (MQ=255) aTGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCtat > 1:1727626/1‑93 (MQ=255) aTGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCtat < 1:3081535/93‑1 (MQ=255) ggATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAc > 2:466921/1‑93 (MQ=255) ggATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAc < 1:6538492/93‑1 (MQ=255) tACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGt > 2:3472883/1‑93 (MQ=255) tACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGt < 2:2673733/93‑1 (MQ=255) tACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGt > 2:6543/1‑93 (MQ=255) aCGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTc < 2:665858/93‑1 (MQ=255) gCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTg > 1:2219553/1‑93 (MQ=255) gCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTg < 1:202194/93‑1 (MQ=255) cTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTgg > 1:4945846/1‑93 (MQ=255) tGGGCTCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTggg < 1:5286875/93‑1 (MQ=255) gggCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGc < 2:119393/93‑1 (MQ=255) ggCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCt > 2:3012323/1‑93 (MQ=255) gcgcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTg < 1:3391360/93‑1 (MQ=255) gcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGc > 1:6631950/1‑93 (MQ=255) gcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGc > 2:901601/1‑93 (MQ=255) gcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGc > 2:1403019/1‑93 (MQ=255) gcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGc > 2:1578954/1‑93 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATATCGTCTGGGCTGGCCt > 1:4272591/1‑93 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCt < 2:7905949/93‑1 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCt > 1:5812852/1‑93 (MQ=255) aTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTg > 1:1683700/1‑93 (MQ=255) tGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGa < 1:6437961/93‑1 (MQ=255) ggTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGAt > 2:4911019/1‑93 (MQ=255) ggTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGAt > 2:480520/1‑93 (MQ=255) gtgtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATg > 1:5783937/1‑93 (MQ=255) gtgtTTAGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTGCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGGCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATg < 2:5015036/93‑1 (MQ=255) tgtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATgg > 2:3798293/1‑93 (MQ=255) tttGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCg > 2:7222084/1‑93 (MQ=255) tgTATCGTTATTGTTACCGCGGCGGGTTCTCGGGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgt < 1:31157/92‑1 (MQ=255) gTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtg < 1:908004/93‑1 (MQ=255) tATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtgt > 2:5522074/1‑93 (MQ=255) tATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtgt > 2:6733740/1‑93 (MQ=255) tCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTg < 2:1975011/93‑1 (MQ=255) tCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTg < 1:2700311/93‑1 (MQ=255) gTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGt > 1:7482746/1‑93 (MQ=255) gTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGt > 1:7099641/1‑93 (MQ=255) gTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGt > 2:7535943/1‑93 (MQ=255) ttATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTc > 2:6480610/1‑93 (MQ=255) ttATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTc < 2:2816367/93‑1 (MQ=255) tATGGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAATCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCt < 2:7615298/93‑1 (MQ=255) ttGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGa < 2:5157258/93‑1 (MQ=255) tGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGAc < 2:1484470/93‑1 (MQ=255) tGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGAc < 1:1139419/93‑1 (MQ=255) tGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGAc < 1:1327288/93‑1 (MQ=255) gTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGTGCTTGCCTGATGGCGGGGGTTGGGCTGAct > 2:7396810/1‑93 (MQ=255) gTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGAct > 2:5834271/1‑93 (MQ=255) ttAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGActc > 2:3559032/1‑93 (MQ=255) ttAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGActc < 1:7348964/93‑1 (MQ=255) ttAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGActc < 1:7288338/93‑1 (MQ=255) tAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGActct > 1:5031275/1‑93 (MQ=255) aCGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTctgc > 2:536180/1‑93 (MQ=255) cggcgCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGGGTTGGTCTGACTCTGCTGt > 1:4696358/1‑93 (MQ=255) ggcgCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGGGTTGGGCTGACTCTGCTTTa > 2:6204154/1‑93 (MQ=255) gcgcGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTAc > 1:1089731/1‑93 (MQ=255) cgcgTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTAcc > 1:4912597/1‑93 (MQ=255) cgcgTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTAcc < 1:566295/93‑1 (MQ=255) cgTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTg > 2:6423070/1‑93 (MQ=255) cgTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTACTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTg < 2:4101367/93‑1 (MQ=255) gTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTgg < 2:5748123/93‑1 (MQ=255) ttCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgc > 1:626171/1‑93 (MQ=255) ttCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgc > 2:710909/1‑93 (MQ=255) ttCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgc > 1:6870478/1‑93 (MQ=255) tctcGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgcg > 1:384559/1‑93 (MQ=255) ctcGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgcgc < 2:431977/93‑1 (MQ=255) ctcGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgcgc < 2:2242252/93‑1 (MQ=255) ctcGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgcgc < 1:6709320/93‑1 (MQ=255) tcGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCt < 1:2455194/93‑1 (MQ=255) cGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTg > 1:6158361/1‑93 (MQ=255) gTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGt < 2:5005420/93‑1 (MQ=255) gTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGt > 1:4568485/1‑93 (MQ=255) gCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTcc > 2:1574823/1‑93 (MQ=255) cGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCg > 1:6224287/1‑93 (MQ=255) 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gcgTCTGCTGTCCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGa < 2:6168710/93‑1 (MQ=255) gTCTGCTGCCCCGCTATCCCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACa < 2:2758147/93‑1 (MQ=255) gTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACa < 1:5464613/93‑1 (MQ=255) tCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAg > 1:4745692/1‑93 (MQ=255) tCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAg > 1:5947585/1‑93 (MQ=255) ctgctgACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAgc < 1:1562638/93‑1 (MQ=255) gctgACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAgcgc < 1:2266720/93‑1 (MQ=255) tgACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGt < 2:6087360/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |