Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,787,906 | A→G | intergenic (‑198/+41) | yibD ← / ← tdh | putative regulator/threonine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,787,906 | 0 | A | G | 99.6% | 1400.5 / ‑4.0 | 441 | intergenic (‑198/+41) | yibD/tdh | putative regulator/threonine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (238/201); total (239/202) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.36e-01 |
Only 100 of 442 total aligned reads displayed.
GTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCG > NC_000913/3787816‑3787995 | agagaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCa < 1:4528285/93‑1 (MQ=255) agagaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCa < 1:7329380/93‑1 (MQ=255) agaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGa > 1:718511/1‑93 (MQ=255) gaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGAt > 2:2756585/1‑93 (MQ=255) gaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGAt > 2:689337/1‑93 (MQ=255) gaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGAt > 1:1344529/1‑93 (MQ=255) 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tataAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAcc > 2:1072778/1‑93 (MQ=255) tataAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAcc > 2:6123889/1‑93 (MQ=255) ataAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCa < 2:2086648/93‑1 (MQ=255) ataAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCa > 2:4580066/1‑93 (MQ=255) agagATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGcc < 1:5786829/93‑1 (MQ=255) agagATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGcc < 1:3818828/93‑1 (MQ=255) gagaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGccc > 1:2955289/1‑93 (MQ=255) gaTCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCtt < 1:3071376/93‑1 (MQ=255) 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aaTTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGtt > 2:247234/1‑93 (MQ=255) aaTTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATAGTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGCATACCCGCCCGTGTGCGTGtt > 1:7087276/1‑93 (MQ=255) aTTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTa > 1:4197943/1‑93 (MQ=255) tACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAAt < 1:41026/93‑1 (MQ=255) tACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAAt < 1:2751858/93‑1 (MQ=255) gAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATccc < 1:1865283/93‑1 (MQ=255) gAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATccc > 2:4828057/1‑93 (MQ=255) aaCTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCa > 1:6259154/1‑93 (MQ=255) aaCTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCa < 1:4926804/93‑1 (MQ=255) ctctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGc < 1:2565306/93‑1 (MQ=255) tctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCt > 1:2074982/1‑93 (MQ=255) tctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCt < 2:6591502/93‑1 (MQ=255) tctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCt > 2:811772/1‑93 (MQ=255) tctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCt > 1:3252374/1‑93 (MQ=255) ctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTCACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTc > 1:4254779/1‑93 (MQ=255) ctTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTc > 2:2111510/1‑93 (MQ=255) 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ttaCACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAAt < 2:5030637/93‑1 (MQ=255) acacTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATaa > 2:4719331/1‑93 (MQ=255) cacTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAAc < 1:5800796/93‑1 (MQ=255) cacTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAAc > 2:6349147/1‑93 (MQ=255) acTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACt > 2:2997430/1‑93 (MQ=255) acTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACt > 2:1836597/1‑93 (MQ=255) acTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACt < 2:1389273/93‑1 (MQ=255) tGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACttt > 1:4448759/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |