| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,806,842 | C→T | R226C (CGC→TGC) | kdtA → | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,806,842 | 0 | C | T | 99.5% | 1543.9 / ‑5.2 | 429 | R226C (CGC→TGC) | kdtA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (216/210); total (218/211) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 456 total aligned reads displayed.
GCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTG > NC_000913/3806752‑3806931 | gcAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACgctgcgctgc > 2:2144376/1‑93 (MQ=255) cAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCgctgcc > 1:44865/1‑93 (MQ=255) aaaaaTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAg > 2:7319877/1‑93 (MQ=255) aaaaTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGt < 1:1171939/93‑1 (MQ=255) aaaaTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGt < 2:4663941/93‑1 (MQ=255) aataatCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTgg > 2:6701461/1‑93 (MQ=255) 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aaaTTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGccacc < 2:1248116/93‑1 (MQ=255) aaTTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGccacca < 1:4712177/93‑1 (MQ=255) aaTTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGccacca < 2:4541682/93‑1 (MQ=255) ttCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGc > 2:1852839/1‑93 (MQ=255) gATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACt > 2:36382/1‑93 (MQ=255) gATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACt > 2:509712/1‑93 (MQ=255) atatTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTc < 1:7527770/93‑1 (MQ=255) atatTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTc < 2:6486038/93‑1 (MQ=255) atatTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTc > 1:769976/1‑93 (MQ=255) tatTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTcc > 2:6567243/1‑92 (MQ=255) tatTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCa < 2:3857225/93‑1 (MQ=255) tatTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCa > 2:5395127/1‑93 (MQ=255) ttCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGa < 1:3744877/93‑1 (MQ=255) cTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAg < 1:4132656/93‑1 (MQ=255) cTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAg < 1:4603802/93‑1 (MQ=255) tGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAgg > 1:106994/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |