Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,857,968 | T→C | L30S (TTA→TCA) | yidL → | putative ARAC‑type regulatory protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,857,968 | 0 | T | C | 99.5% | 1374.5 / ‑4.3 | 429 | L30S (TTA→TCA) | yidL | putative ARAC‑type regulatory protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (228/198); total (230/199) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 |
Only 100 of 434 total aligned reads displayed.
TTGTGAGCATAATTCGCCGGAGGGATATTAAAATGAATGGAAAATTGCAAAGTTCAGATGTAAAAAACGAAACTCCGTACAATATTCCCTTATTGATTAACGAAAATGTGATCTCCAGCGGAATTTCTCTGATCTCGCTCTGGCATACCTACGCCGACGAGCATTACCGGGTGATCTGGC > NC_000913/3857878‑3858057 | tgAGCATAATTCGCCGGAGGGATATTAAAATGAATGGAAAATTGCAAAGTTCAGATGTAAAAAACGAAACTCCGTACAATATTCCCTCATTGa > 1:1059527/1‑93 (MQ=255) tgAGCATAATTCGCCGGAGGGATATTAAAATGAATGGAAAATTGCAAAGTTCAGATGTAAAAAACGAAACTCCGTACAATATTCCCTCATTGa > 1:4433292/1‑93 (MQ=255) tgAGCATAATTCGCCGGAGGGATATTAAAATGAATGGAAAATTGCAAAGTTCAGATGTAAAAAACGAAACTCCGTACAATATTCCCTCATTGa < 1:6126606/93‑1 (MQ=255) gCATAATTCGCCGGAGGGATATTAAAATGAATGGAAAATTGCAAAGTTCAGATGTAAAAAACGAAACTCCGTACAATATTCCCTCATTGATTa > 2:5978316/1‑93 (MQ=255) cATAATTCGCCGGAGGGATATTAAAATGAATGGAAAATTGCAAAGTTCAGATGTAAAAAACGAAACTCCGTACAATATTCCCTCATTGATTaa < 2:5002633/93‑1 (MQ=255) tAATTCGCCGGAGGGATATTAAAATGAATGGAAAATTGCAAAGTTCAGATGTAAAAAACGAAACTCCGTACAATATTCCCTCATTGATTAACg < 2:3848314/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |