| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 435,927 | A→G | T39A (ACG→GCG) | pgpA → | phosphatidylglycerophosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 435,927 | 0 | A | G | 98.4% | 777.4 / ‑1.7 | 254 | T39A (ACG→GCG) | pgpA | phosphatidylglycerophosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base G (132/117); total (135/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
AAGATGTCGCGAAAAGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGACGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTGGGGATC > NC_000913/435835‑436016 | aaGATGTCGCGAAAAGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGa < 1:7749124/93‑1 (MQ=255) gATGTCGCGAAAAGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCg > 1:6897759/1‑93 (MQ=255) gATGTCGCGAAAAGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCg > 1:27392/1‑93 (MQ=255) aTGTCGCGAAAAGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGa < 1:5352692/93‑1 (MQ=255) tGTCGCGAAAAGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGAt < 2:6434595/93‑1 (MQ=255) gTCGCGAAAAGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATg < 2:4206672/93‑1 (MQ=255) gAAAAGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTc > 1:6333558/1‑93 (MQ=255) aaaaGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCg > 2:4627882/1‑93 (MQ=255) aaaGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGc < 1:7347251/93‑1 (MQ=255) aaGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCt > 2:1599624/1‑93 (MQ=255) aGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTg > 1:4348360/1‑93 (MQ=255) aGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGAATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGACTATGGGCTCGCTg < 1:2503061/93‑1 (MQ=255) gTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTgg > 2:37169/1‑93 (MQ=255) cGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGct > 2:3070665/1‑92 (MQ=255) cGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCa > 2:3343216/1‑93 (MQ=255) gCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGATGGCAg > 1:5200273/1‑93 (MQ=255) cTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCg > 1:860576/1‑93 (MQ=255) tGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGa < 2:4037719/93‑1 (MQ=255) tGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGa > 1:2090453/1‑93 (MQ=255) tGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGa < 2:5732726/93‑1 (MQ=255) tGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGACGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGa < 1:7649553/93‑1 (MQ=255) gAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGAt > 2:2462325/1‑93 (MQ=255) aGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTc < 2:1154687/93‑1 (MQ=255) gATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTcc < 2:6821173/93‑1 (MQ=255) gATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGACGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTcc > 1:3210775/1‑93 (MQ=255) gATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGACCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTcc > 1:5522190/1‑93 (MQ=255) aaTGAGTAATCCGTGTCATCTACTTGCCGTCGGATTCGGAAGTGCATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTcc < 1:778972/92‑1 (MQ=255) aTGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCg < 2:1053663/93‑1 (MQ=255) aGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTc < 1:3027705/93‑1 (MQ=255) gTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCt < 1:4047670/93‑1 (MQ=255) tAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGGTCGCTGGCAGTGATTCCGTTTTg > 2:4502567/1‑93 (MQ=255) tAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTg < 2:1769228/93‑1 (MQ=255) tAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTg < 2:880669/93‑1 (MQ=255) aaTCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTgg > 1:4826989/1‑93 (MQ=255) aTCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGt < 1:1765536/93‑1 (MQ=255) tCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTa < 1:1574907/93‑1 (MQ=255) tCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTa > 1:996167/1‑93 (MQ=255) cGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATc > 2:3250839/1‑93 (MQ=255) tGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCtg < 2:199314/93‑1 (MQ=255) tGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCtg > 1:4260816/1‑93 (MQ=255) gCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCtgat > 2:4344096/1‑93 (MQ=255) cATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCtgatg > 2:3793548/1‑93 (MQ=255) aTCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCtgatga > 2:4851143/1‑93 (MQ=255) aTCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCtgatga < 1:5118329/93‑1 (MQ=255) tCTANTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGAc > 1:5732704/1‑93 (MQ=255) tCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGAc > 1:953932/1‑93 (MQ=255) tCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGCGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCCGGGGTTCCGTTCTGGTATCTGATGAc > 2:5536018/1‑93 (MQ=255) cTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGAcc > 1:3747052/1‑93 (MQ=255) aCTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCtt < 2:4523768/93‑1 (MQ=255) aCTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCtt > 2:7463996/1‑93 (MQ=255) aCTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCtt > 2:1207159/1‑93 (MQ=255) cTTGCTGTCGGTTACGGAAATGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCttt < 1:7029472/93‑1 (MQ=255) cTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCATCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCttt > 1:1035585/1‑93 (MQ=255) cTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCttt < 1:4512236/93‑1 (MQ=255) cTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCttt < 2:6834348/93‑1 (MQ=255) cTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCttt > 2:2703291/1‑93 (MQ=255) ttGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCtttt < 1:6250316/93‑1 (MQ=255) ttGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGGTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCtttt > 2:7357654/1‑93 (MQ=255) ttGATGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCtttt < 1:4385073/93‑1 (MQ=255) ttcTGGCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCttttt < 2:2240492/91‑1 (MQ=255) cTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGc < 2:3120184/93‑1 (MQ=255) gTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGGATCTGATGACCTTTTTGgcc > 2:5239065/1‑93 (MQ=255) 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tCCTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTggg < 1:282368/93‑1 (MQ=255) ccTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTgggg < 1:1585672/93‑1 (MQ=255) ccTGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTgggg < 2:4364270/93‑1 (MQ=255) tGGGGCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTGGGGAt < 1:4637871/93‑1 (MQ=255) ggggCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTGGGGATc < 1:1472014/93‑1 (MQ=255) ggggCGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTGGGGATc > 2:6237760/1‑93 (MQ=255) | AAGATGTCGCGAAAAGTCGCCTGAAGATGAGTAATCCGTGGCATCTACTTGCTGTCGGATTCGGAAGTGGATTAAGCCCGATCGTTCCTGGGACGATGGGCTCGCTGGCAGCGATTCCGTTCTGGTATCTGATGACCTTTTTGCCCTGGCAGCTCTACTCGCTGGTGGTGATGCTGGGGATC > NC_000913/435835‑436016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |