Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,964,245 | T→C | Y72H (TAC→CAC) | rho → | transcription termination factor Rho |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,964,245 | 0 | T | C | 99.7% | 1071.7 / NA | 345 | Y72H (TAC→CAC) | rho | transcription termination factor Rho |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (184/160); total (184/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
ACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATT > NC_000913/3964156‑3964334 | cGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCt > 1:1713555/1‑93 (MQ=255) gCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTc > 1:2425337/1‑93 (MQ=255) gCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTc > 1:7457388/1‑93 (MQ=255) gCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTc > 1:397128/1‑93 (MQ=255) cAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCg > 2:6025985/1‑93 (MQ=255) cAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCg > 1:800764/1‑93 (MQ=255) aaGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGcc < 1:3012173/93‑1 (MQ=255) aaGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGcc > 2:3804499/1‑93 (MQ=255) aaGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGcc > 2:3309376/1‑93 (MQ=255) agagTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCg < 2:3182231/93‑1 (MQ=255) gagaGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCgg > 2:4688035/1‑93 (MQ=255) gagTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCgg > 1:7794981/1‑93 (MQ=255) agTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGt < 1:2644159/93‑1 (MQ=255) tGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTcc > 1:3811283/1‑93 (MQ=255) 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atatCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACa > 1:1477128/1‑93 (MQ=255) atCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATc > 1:6080319/1‑93 (MQ=255) tCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCt > 1:7166434/1‑93 (MQ=255) cTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTa < 2:2305898/93‑1 (MQ=255) cTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTa > 1:4182761/1‑93 (MQ=255) tttGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGCTTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCTGGTCCTGCTGACATCTAc > 1:4780745/1‑93 (MQ=255) tGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGt < 2:214287/93‑1 (MQ=255) ggTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGtt < 1:4566887/93‑1 (MQ=255) 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gagaTATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATc > 2:2475804/1‑93 (MQ=255) gagaTATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATc < 2:7367041/93‑1 (MQ=255) gaTATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATccg > 2:1495596/1‑93 (MQ=255) atTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATccgccg > 2:2658259/1‑93 (MQ=255) atTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGAAAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATccgccg > 2:5799156/1‑93 (MQ=255) tGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTCCCCCTAGCCAAATCCGCCGtt < 2:5015736/93‑1 (MQ=255) gCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGttt < 1:912282/93‑1 (MQ=255) cAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTc < 1:4806081/93‑1 (MQ=255) cAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTc < 2:4070542/93‑1 (MQ=255) aGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCa > 2:2996165/1‑93 (MQ=255) aGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCa > 2:7142554/1‑93 (MQ=255) aGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCa > 2:3631789/1‑93 (MQ=255) ggatggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCaa < 1:4487875/93‑1 (MQ=255) ggatggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCaa < 1:2005697/93‑1 (MQ=255) ggatggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCaa > 1:100640/1‑93 (MQ=255) gatggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAc > 2:5376258/1‑93 (MQ=255) gatggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAc < 2:6146273/93‑1 (MQ=255) atggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAcc < 1:5254464/93‑1 (MQ=255) gatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTcc < 2:2033528/93‑1 (MQ=255) gatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTcc < 2:3440737/93‑1 (MQ=255) atTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCg > 1:5754995/1‑93 (MQ=255) tttGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACTGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGc > 2:7585194/1‑93 (MQ=255) ttGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCa < 1:3623851/93‑1 (MQ=255) tGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCCACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCAc < 1:7371268/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |