Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,243,337 | A→G | L221P (CTG→CCG) | malE ← | periplasmic maltose‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,243,337 | 0 | A | G | 99.7% | 1187.6 / ‑5.2 | 371 | L221P (CTG→CCG) | malE | periplasmic maltose‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (182/188); total (183/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
Only 100 of 378 total aligned reads displayed.
GTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTATCCACGCCCACGTCTTTAATGTCGTACTTGCCGTTTTCATACTTGAACGCATAACCC > NC_000913/4243247‑4243426 | gTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCggg > 2:2723/1‑93 (MQ=255) gTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCggg > 1:2972058/1‑93 (MQ=255) tCATCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGa > 2:7248123/1‑93 (MQ=255) tCATCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTAAACCGGGa > 2:5727647/1‑93 (MQ=255) aTCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAg > 1:1119032/1‑93 (MQ=255) aTCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAg > 2:1171749/1‑93 (MQ=255) aTCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAg > 1:4677801/1‑93 (MQ=255) tCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAgg > 2:3905985/1‑93 (MQ=255) tCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAgg > 2:5227818/1‑93 (MQ=255) gCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTc < 2:2565227/93‑1 (MQ=255) gCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTc > 1:7205782/1‑93 (MQ=255) cTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCa > 2:7697771/1‑93 (MQ=255) cTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCa < 1:5503328/93‑1 (MQ=255) cTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCa < 1:4425269/93‑1 (MQ=255) tGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAg > 2:5796827/1‑93 (MQ=255) tGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAg > 1:6827946/1‑93 (MQ=255) gTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGa > 1:1825010/1‑93 (MQ=255) tttCGCCTTTATTAAAGGGAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGAGTTTGTCTTTAATCAGGTCAACAGGGAAGGTCAGAc > 1:41643/1‑93 (MQ=255) tttCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGAc > 1:5285770/1‑93 (MQ=255) ttCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGAcc < 2:5311130/93‑1 (MQ=255) cTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCtt < 2:7337777/93‑1 (MQ=255) tttATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCttt < 2:7505035/93‑1 (MQ=255) 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ttaAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTcgcg > 1:3138777/1‑93 (MQ=255) aGGCAGCTTCTGCGATGGGGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACAGGGAAGGTCAGACACGCTTTCGCGCCAg > 2:6631258/1‑93 (MQ=255) gCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCg > 1:3874250/1‑93 (MQ=255) aGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGtt > 1:3540853/1‑93 (MQ=255) gCTTCTGCGATGGAGTATTCGGTGTCTACATTCATGTGTTTGTTTTTCATCAAATCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGATa < 2:7015894/93‑1 (MQ=255) gCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTa < 2:2122656/93‑1 (MQ=255) gCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTa > 1:3689982/1‑93 (MQ=255) gCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTa > 2:6465761/1‑93 (MQ=255) gCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTa < 1:1721546/93‑1 (MQ=255) gCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTa < 1:5665554/93‑1 (MQ=255) acTTCTGGGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTa < 1:5397644/92‑1 (MQ=255) cTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTAt < 2:5582732/93‑1 (MQ=255) ttCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTATc > 1:6509157/1‑93 (MQ=255) cTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTATCCa < 1:6302723/93‑1 (MQ=255) tGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTATCCAc < 2:3380513/93‑1 (MQ=255) gCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCGGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCGCCAGCGTTATCCACg < 2:5938526/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |