| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,275,617 | A→G | intergenic (+105/‑441) | soxR → / → yjcD | SoxR/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,275,617 | 0 | A | G | 98.9% | 1164.3 / ‑0.4 | 378 | intergenic (+105/‑441) | soxR/yjcD | SoxR/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base G (166/208); total (168/210) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
GCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCAA > NC_000913/4275527‑4275706 | tttAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtg > 1:3499854/1‑93 (MQ=255) tttAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtc < 2:4797962/93‑2 (MQ=255) ttAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtgg > 2:79818/1‑93 (MQ=255) ttAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtgg > 2:7318565/1‑93 (MQ=255) tAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtggt > 1:4777295/1‑93 (MQ=255) tAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtggt < 2:3518356/93‑1 (MQ=255) 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ccTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACtttt > 2:7078176/1‑93 (MQ=255) cTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACttttt > 1:2236351/1‑93 (MQ=255) tCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTa < 1:6760603/93‑1 (MQ=255) cATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTaa < 1:5874188/93‑1 (MQ=255) ttCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAAcc < 2:7556000/93‑1 (MQ=255) aGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCaa > 1:4609232/1‑93 (MQ=255) | GCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCAA > NC_000913/4275527‑4275706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |