| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,393,753 | G→A | A37A (GCG→GCA) | amiB → | N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,393,753 | 0 | G | A | 99.0% | 1095.2 / ‑4.0 | 306 | A37A (GCG→GCA) | amiB | N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (144/159); total (145/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGG > NC_000913/4393663‑4393842 | ttggttggTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGcacg < 2:1105437/93‑1 (MQ=255)ttggttggTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGcacg < 1:4856811/93‑1 (MQ=255) gttggtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGAt < 1:7701504/93‑1 (MQ=255) ttggtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATa < 1:7785318/93‑1 (MQ=255) ttggtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATa < 2:6634048/93‑1 (MQ=255) ttggtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATa > 2:1979471/1‑93 (MQ=255) tggtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATaa < 2:4979004/93‑1 (MQ=255) ggtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAAc > 1:7271155/1‑93 (MQ=255) tAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGt > 1:7157101/1‑93 (MQ=255) tAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGt < 1:2015144/93‑1 (MQ=255) tAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGt < 2:798084/93‑1 (MQ=255) tAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGt > 1:3173522/1‑93 (MQ=255) aGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGtt < 1:6014659/93‑1 (MQ=255) aGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGtt < 2:5039354/93‑1 (MQ=255) gCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTg > 2:3614910/1‑93 (MQ=255) cGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGa < 1:6293853/93‑1 (MQ=255) cGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGa < 1:4073025/93‑1 (MQ=255) ccGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGt < 2:10032/92‑1 (MQ=255) aCGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGt < 2:894244/93‑1 (MQ=255) ggctgctgctgctGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAGCAGGCACGGATAACGTTGAGtt < 2:2264737/92‑1 (MQ=255) gctgctgctgctGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGttt > 1:5604839/1‑93 (MQ=255) ctgctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATACCGTTGAGtttt > 1:6041539/1‑93 (MQ=255) ctgctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGtttt < 2:7664449/93‑1 (MQ=255) tgctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTa < 1:1388910/93‑1 (MQ=255) tgctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTa < 2:6022883/93‑1 (MQ=255) gctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTAt < 1:4509435/93‑1 (MQ=255) gctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTAt < 2:3399230/93‑1 (MQ=255) tgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTg > 2:1571205/1‑93 (MQ=255) tgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTg < 1:4788617/93‑1 (MQ=255) tgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTg > 2:7832438/1‑93 (MQ=255) tgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTg < 2:5119689/93‑1 (MQ=255) gctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTgg > 1:3453642/1‑93 (MQ=255) gctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTgg > 1:2464436/1‑93 (MQ=255) tgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCg > 2:247559/1‑93 (MQ=255) tgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCg < 2:708955/93‑1 (MQ=255) gtgCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATcc < 2:1037864/93‑1 (MQ=255) gtgCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATcc < 1:1728041/93‑1 (MQ=255) cACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGa < 2:4504514/93‑1 (MQ=255) 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tgggtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGt < 1:1499652/93‑1 (MQ=255) tgggtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGt > 1:4175565/1‑93 (MQ=255) gggtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGtt < 2:6487409/93‑1 (MQ=255) gtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTa < 1:6132067/93‑1 (MQ=255) gtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTa > 2:3830656/1‑93 (MQ=255) gCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGc < 2:5709600/93‑1 (MQ=255) gCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGc < 1:4326152/93‑1 (MQ=255) ccGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGcc < 1:932537/93‑1 (MQ=255) cgcgACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCa < 2:3211143/93‑1 (MQ=255) cgACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATc > 2:55139/1‑93 (MQ=255) gACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCa > 1:2090877/1‑93 (MQ=255) gcGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGTGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCaa < 1:378004/92‑1 (MQ=255) aCGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCaa < 2:1171838/93‑1 (MQ=255) aCGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCaa < 2:4142901/93‑1 (MQ=255) tctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCa > 2:3733205/1‑93 (MQ=255) tctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCa < 1:3524570/93‑1 (MQ=255) tctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCa > 2:4714472/1‑93 (MQ=255) tctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCa > 1:595455/1‑93 (MQ=255) ctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCaa < 2:1251718/93‑1 (MQ=255) tctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCaaa > 1:2772466/1‑93 (MQ=255) tctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCaaa < 1:5401291/93‑1 (MQ=255) gATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGc < 1:695437/93‑1 (MQ=255) atatTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCa > 2:7401489/1‑93 (MQ=255) atatTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCa > 1:1162881/1‑93 (MQ=255) atatTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCa < 2:2367094/93‑1 (MQ=255) tatTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCAc > 1:5015730/1‑93 (MQ=255) tatTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCAc > 2:5460838/1‑93 (MQ=255) tCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGt < 2:6208920/93‑1 (MQ=255) tCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGt < 1:7861291/93‑1 (MQ=255) aGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTgg < 2:3948612/93‑1 (MQ=255) aGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTgg < 2:2933872/93‑1 (MQ=255) aGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTgg < 1:2673762/93‑1 (MQ=255) 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aCAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCaaacaaac < 1:443906/93‑1 (MQ=255) aCAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCaaacaaac < 2:6279193/93‑1 (MQ=255) aCAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCaaacaaac > 1:5120255/1‑93 (MQ=255) cAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACg > 1:3065114/1‑93 (MQ=255) aGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACgg < 1:2630457/93‑1 (MQ=255) ggCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACggg > 2:1720921/1‑93 (MQ=255) | TTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGG > NC_000913/4393663‑4393842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |