| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,525,586 | A→G | intergenic (‑38/+93) | sgcA ← / ← sgcQ | putative PTS system enzyme IIA component/putative nucleoside triphosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,525,586 | 0 | A | G | 99.7% | 1021.5 / ‑5.4 | 323 | intergenic (‑38/+93) | sgcA/sgcQ | putative PTS system enzyme IIA component/putative nucleoside triphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (151/171); total (152/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
CGCCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTAGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCCA > NC_000913/4525496‑4525676 | cGCCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGc < 2:631227/93‑1 (MQ=255) gCCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCg > 2:2149520/1‑93 (MQ=255) gCCAGGCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCg < 1:1020140/93‑1 (MQ=255) cAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGAt > 2:5818286/1‑93 (MQ=255) cAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGAt > 2:2305452/1‑93 (MQ=255) cAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGAt > 2:3262227/1‑93 (MQ=255) 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tAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGACGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTTACGAAGGCGGCAGGGAt > 2:7342480/1‑93 (MQ=255) aaTATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATc < 1:4203013/93‑1 (MQ=255) aaTATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATc > 1:3051991/1‑93 (MQ=255) aaTATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATc > 1:4826368/1‑93 (MQ=255) atatCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCg < 2:4171665/93‑1 (MQ=255) tatCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGc < 2:3456688/93‑1 (MQ=255) tatCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTCTTGAGGAAGGCGGCAGGGATCGc > 2:2692686/1‑93 (MQ=255) atCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCa < 1:7495189/93‑1 (MQ=255) atCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCa > 2:7920219/1‑93 (MQ=255) tCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAg > 1:3785635/1‑93 (MQ=255) tCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAg < 1:6628163/93‑1 (MQ=255) tCGTTAATCATCCGTCGTTAACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCACAg < 2:7028097/93‑1 (MQ=255) gTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGaa < 1:3657745/93‑1 (MQ=255) ttAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAg > 1:3947494/1‑93 (MQ=255) ttAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAg > 2:6258356/1‑93 (MQ=255) tactcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAgg < 1:1431002/90‑1 (MQ=255) tAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAgg > 1:4110055/1‑93 (MQ=255) tAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAgg < 1:3590992/93‑1 (MQ=255) tAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAgg < 1:7775919/93‑1 (MQ=255) aaTCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAggg < 1:5188285/93‑1 (MQ=255) atcatcCGTCGTCGACTACATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCTGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGt < 2:1359097/93‑1 (MQ=255) tcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGtt > 2:719270/1‑93 (MQ=255) tcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGtt > 2:4008046/1‑93 (MQ=255) catcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTa < 2:5182960/93‑1 (MQ=255) catcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTa < 2:6103137/93‑1 (MQ=255) atcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAt < 2:1613327/93‑1 (MQ=255) atcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAt < 1:5123750/93‑1 (MQ=255) atcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAt > 1:2368803/1‑93 (MQ=255) atcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAt > 1:3315814/1‑93 (MQ=255) gtcgtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGct > 1:1951175/1‑93 (MQ=255) gtcgtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGct < 1:491568/93‑1 (MQ=255) gtcgtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGct > 2:5284302/1‑93 (MQ=255) 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aaTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTa < 1:7211220/93‑1 (MQ=255) aTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAt < 1:2557928/93‑1 (MQ=255) aTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAt < 2:1742677/93‑1 (MQ=255) tCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATc > 1:6066681/1‑93 (MQ=255) tCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATc < 2:5912339/93‑1 (MQ=255) tggtggCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATccc > 1:5054928/1‑93 (MQ=255) | CGCCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTAGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCCA > NC_000913/4525496‑4525676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |