| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 861,873 | C→T | A297T (GCC→ACC) | ybiY ← | putative pyruvate formate‑lyase activating enzyme 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 861,873 | 0 | C | T | 98.8% | 834.7 / NA | 245 | A297T (GCC→ACC) | ybiY | putative pyruvate formate‑lyase activating enzyme 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); major base T (97/143); minor base G (3/0); total (101/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATTTGTTGAT > NC_000913/861783‑861963 | tgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTAt > 2:2215805/1‑93 (MQ=255)tgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTAt > 2:10523/1‑93 (MQ=255) tcgttttAATGCGGTCGCTGAGCGTGGCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGtata < 2:2486282/89‑1 (MQ=255) gcgcTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGtata > 1:654772/1‑93 (MQ=255) gcgcTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGtata < 2:3490713/93‑1 (MQ=255) gcgcTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGtata < 1:7741785/93‑1 (MQ=255) cTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATActg > 2:6475978/1‑93 (MQ=255) ttAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATActgct < 2:6096276/93‑1 (MQ=255) ttAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATActgct > 2:1446343/1‑93 (MQ=255) aTGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTggg > 1:3383233/1‑93 (MQ=255) aTGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTggg > 1:460636/1‑93 (MQ=255) ggTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCaaa < 2:2342840/93‑1 (MQ=255) ggTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCaaa < 2:1979264/93‑1 (MQ=255) ggTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCaaa > 2:6702802/1‑93 (MQ=255) gTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAg > 1:1108638/1‑93 (MQ=255) gTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAg < 2:5632594/93‑1 (MQ=255) gTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAg > 2:6132968/1‑93 (MQ=255) tCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGt < 1:3606032/93‑1 (MQ=255) tCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGt > 1:5632871/1‑93 (MQ=255) gcGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGt < 1:2473499/92‑1 (MQ=255) cGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTc < 1:1049547/93‑1 (MQ=255) cGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTc < 1:617672/93‑1 (MQ=255) gCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCg < 1:2747156/93‑1 (MQ=255) tGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAg > 2:7818993/1‑93 (MQ=255) gtgtCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGtt < 1:2899779/93‑1 (MQ=255) gtgtCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGtt > 1:243096/1‑93 (MQ=255) gtgtCCAGTTTCAGGGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGtt < 1:2323929/93‑1 (MQ=255) tgtCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCGAAGTCGAGCAGTTc > 2:1303162/1‑93 (MQ=255) tgtCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTc < 1:3211203/93‑1 (MQ=255) tgtCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTc < 1:3841860/93‑1 (MQ=255) tgtCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTc < 2:1670313/93‑1 (MQ=255) tCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCACAGTCGAGCAGTTCTg > 2:834058/1‑93 (MQ=255) tCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTg > 2:1471070/1‑93 (MQ=255) tCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTg < 2:2555481/93‑1 (MQ=255) cAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGgc < 1:831275/93‑1 (MQ=255) aGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGgcg > 1:1266768/1‑93 (MQ=255) gTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGgcgc > 1:425192/1‑93 (MQ=255) aGTGTTGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCaa < 1:5531347/93‑1 (MQ=255) aGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCaa < 1:7265709/93‑1 (MQ=255) tgtgGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGc < 1:6875161/93‑1 (MQ=255) gtgGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCg < 2:6399424/93‑1 (MQ=255) gTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGtt > 1:1668869/1‑93 (MQ=255) tCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCGGTTCTGGCGCATCAAGCGGttt > 1:1445656/1‑93 (MQ=255) tCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGttt < 1:2761498/93‑1 (MQ=255) tGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTc > 1:4899999/1‑93 (MQ=255) tGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTc < 1:1722171/93‑1 (MQ=255) ggTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTcc < 2:2401908/93‑1 (MQ=255) ttgttATCCTCGTAAGGTCGCGGTTATCCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCgg < 2:3207701/93‑1 (MQ=255) ttgttATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCgg > 2:4211808/1‑93 (MQ=255) ttgttATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCgg > 2:6576656/1‑93 (MQ=255) gttATCCTCGTAAGGTCGCGGTTATCCTTTTCTGGCAGGTATACGGCTGGGTAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCgggg < 2:5764511/93‑1 (MQ=255) gttATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGCTTTTCCgggg > 2:364500/1‑93 (MQ=255) ttATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGc > 2:313908/1‑93 (MQ=255) ttATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGc < 2:5765187/93‑1 (MQ=255) tCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTc < 1:2414869/93‑1 (MQ=255) cTCGTAAGGTCGCTGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCAt < 2:5511380/93‑1 (MQ=255) cTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCAt < 1:5762767/93‑1 (MQ=255) tCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATa < 1:1797791/93‑1 (MQ=255) tCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATa < 1:5915910/93‑1 (MQ=255) cGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCgggg < 1:36906/85‑1 (MQ=255) cGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCgggg > 2:36906/1‑85 (MQ=255) gTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAgg > 1:711132/1‑93 (MQ=255) tAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAggg > 2:515180/1‑93 (MQ=255) tAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAggg > 2:7612720/1‑93 (MQ=255) tAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAggg > 1:2090999/1‑93 (MQ=255) tAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAggg < 1:4689972/93‑1 (MQ=255) aGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCa < 1:5340267/93‑1 (MQ=255) ggTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAg > 2:2995935/1‑93 (MQ=255) gTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGa < 2:7401767/93‑1 (MQ=255) tCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGAt > 2:4353853/1‑93 (MQ=255) 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ttAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATtaagta < 1:7401320/93‑1 (MQ=255) ttAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATtaagta > 2:4810383/1‑93 (MQ=255) tagcccTTGCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGGGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATtaagtaa < 2:3894214/90‑1 (MQ=255) tAACCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATtaagtaa < 2:2623295/93‑1 (MQ=255) aaCCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATtaagtaag > 2:5381863/1‑93 (MQ=255) aaCCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATtaagtaag > 1:6341092/1‑93 (MQ=255) aaCCCTTGCAGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGGTCTGGAGCATCAAGCGGTTTTTCCCGGGCGTCATAGGGCCGATtaggaaag > 2:6898707/1‑93 (MQ=255) aCCCTTTCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTaagtaagt > 2:5810910/1‑93 (MQ=255) 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tCTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATAtt < 1:5383374/93‑1 (MQ=255) cTGGCAGGTATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATAttt < 2:1862106/93‑1 (MQ=255) ggcaggtaTACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATttgt > 1:1418563/1‑93 (MQ=255) gcaggtaTACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATttgtt > 2:4554000/1‑93 (MQ=255) aggtaTACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATTTGTTGa < 2:4927554/93‑1 (MQ=255) aggtaTACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATTTGTTGa < 1:2369593/93‑1 (MQ=255) | TGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATTTGTTGAT > NC_000913/861783‑861963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |