| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,015,816 | T→C | G569G (GGA→GGG) | b0955 ← | putative ATP‑dependent protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,015,816 | 0 | T | C | 99.5% | 679.9 / NA | 217 | G569G (GGA→GGG) | b0955 | putative ATP‑dependent protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (102/114); minor base A (1/0); total (103/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAA > NC_000913/1015726‑1015905 | cAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAGCGGTGACGccc < 2:7017646/93‑1 (MQ=255)cAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGccc < 2:5921796/93‑1 (MQ=255)cAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGccc > 1:2938459/1‑93 (MQ=255) aGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGGTCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGccct > 2:4953264/1‑93 (MQ=255) aGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGccct > 2:4545173/1‑93 (MQ=255) ggATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGccctt > 2:7348940/1‑93 (MQ=255) ggATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGccctt > 1:5283563/1‑93 (MQ=255) ggATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGccctt > 1:322626/1‑93 (MQ=255) aTAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGcccttcc < 2:6400350/93‑1 (MQ=255) aTAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGcccttcc > 2:6659456/1‑93 (MQ=255) aGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTg > 1:1739375/1‑93 (MQ=255) cTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGtt < 1:4139861/93‑1 (MQ=255) cTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGtt < 1:5297852/93‑1 (MQ=255) tAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACTAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTg > 2:3878613/1‑93 (MQ=255) 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tACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTg > 2:6533598/1‑93 (MQ=255) cGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTgcg < 1:4469272/93‑1 (MQ=255) cTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGcgcg < 1:5538512/93‑1 (MQ=255) tGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGa < 1:1624478/93‑1 (MQ=255) aaCAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa < 2:7871000/93‑1 (MQ=255) aaCAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:1889945/1‑93 (MQ=255) aaCAAGGCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa < 1:2640977/93‑1 (MQ=255) aCAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATAc < 2:2374495/93‑1 (MQ=255) cAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACg > 2:3142496/1‑93 (MQ=255) aaGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGt < 2:3375624/93‑1 (MQ=255) aGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGtt > 2:5664389/1‑93 (MQ=255) aGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGtt > 2:6767026/1‑93 (MQ=255) aGTCCCAGCAGTGCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAAGGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGGTGCGATGCTTGCGCGATACGtt < 1:4072756/93‑1 (MQ=255) gATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTgg > 1:7542381/1‑93 (MQ=255) aTCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGCTACGTTCCTGGa > 2:2652288/1‑93 (MQ=255) aTCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGa > 1:6909533/1‑93 (MQ=255) tCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGAt < 2:7764004/93‑1 (MQ=255) gTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGt > 1:1341082/1‑93 (MQ=255) gTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGt > 2:2846455/1‑93 (MQ=255) gTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGt < 1:7819714/93‑1 (MQ=255) ttCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGtt > 2:4160988/1‑93 (MQ=255) ttCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGtt > 2:4406165/1‑93 (MQ=255) tggAATAAACCAGTTCGGCCAACGTAATGGGCATGGAACACGGTGACGACCTTCTTGTTGCGATGCTTGCGCGATGCGTTGCTGGATGGTTTg > 2:5552053/2‑93 (MQ=255) ggAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGc < 2:2127885/93‑1 (MQ=255) aaTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCAt < 2:6003073/93‑1 (MQ=255) aaTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCAt < 1:2264211/93‑1 (MQ=255) aTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATc < 1:1601787/93‑1 (MQ=255) tAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCa > 2:3987668/1‑93 (MQ=255) tAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCa > 2:705636/1‑93 (MQ=255) aaaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAg < 2:179062/93‑1 (MQ=255) aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGc > 1:3469424/1‑93 (MQ=255) aCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcg < 1:5733445/93‑1 (MQ=255) 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cAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTg < 1:961033/93‑1 (MQ=255) cAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTg > 1:2239349/1‑93 (MQ=255) aGCGAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTgg < 1:1070961/93‑1 (MQ=255) aGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTgg > 2:860419/1‑93 (MQ=255) aGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTgg < 2:4782297/93‑1 (MQ=255) ccAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:6646055/93‑1 (MQ=255) cAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCt > 1:3337612/1‑93 (MQ=255) cAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCt > 1:4914899/1‑93 (MQ=255) 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gAAAACGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCa < 1:7442874/93‑1 (MQ=255) aaaCGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGa < 2:7595810/93‑1 (MQ=255) aaaCGGTGACGACCTTCCGGTTGCGATGCTTCGGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGa < 1:3947301/93‑1 (MQ=255) aaCGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGAt < 1:1196397/93‑1 (MQ=255) aaCGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGAt > 1:7700875/1‑93 (MQ=255) aaCGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGAt > 1:2314836/1‑93 (MQ=255) cGGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGAttt < 1:1962273/93‑1 (MQ=255) ggTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTta < 1:5336436/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |