| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,050,477 | A→G | intergenic (‑79/‑207) | cspH ← / → cspG | cold shock‑like protein/CspG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,050,477 | 0 | A | G | 98.9% | 543.3 / ‑3.6 | 177 | intergenic (‑79/‑207) | cspH/cspG | cold shock‑like protein/CspG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (100/75); total (102/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACT > NC_000913/1050386‑1050566 | ttACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCgg < 1:417730/93‑1 (MQ=255) tACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGggcggc < 2:3149792/93‑1 (MQ=255) aCGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCt < 2:328953/93‑1 (MQ=255) gggACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaa > 2:7148244/1‑93 (MQ=255) gACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaa < 1:3285258/93‑1 (MQ=255) acaaacaaATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaat > 1:3544282/1‑93 (MQ=255) aacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataaa > 2:3498615/1‑93 (MQ=255) aacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataaa < 1:5990629/93‑1 (MQ=255) acaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataaaa < 1:4243949/93‑1 (MQ=255) aaaTTCCTTACTGAAAATACTGTGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAAtt > 1:4714243/1‑93 (MQ=255) aaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAAttt > 1:1027414/1‑93 (MQ=255) aaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAAttt > 1:6440998/1‑93 (MQ=255) aTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTg > 2:1871282/1‑93 (MQ=255) ttCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGc > 1:5879890/1‑93 (MQ=255) tCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCt > 2:3218124/1‑93 (MQ=255) ccTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCtt > 2:819499/1‑93 (MQ=255) cTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTa < 1:6064863/93‑1 (MQ=255) ttACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTaa > 2:3633972/1‑93 (MQ=255) ttACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTaa > 2:2757875/1‑93 (MQ=255) tACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAt < 1:291652/93‑1 (MQ=255) tACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAt > 1:6179964/1‑93 (MQ=255) tACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAt > 2:2788610/1‑93 (MQ=255) tGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAtctc > 2:5207895/1‑93 (MQ=255) tGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAtctc > 2:4089459/1‑93 (MQ=255) tGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAtctc > 2:4142828/1‑93 (MQ=255) tGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAtctc > 1:4784389/1‑93 (MQ=255) gAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCa > 2:3747708/1‑93 (MQ=255) aaaaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCaa > 2:5844303/1‑93 (MQ=255) aaaaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCaa < 1:7333403/93‑1 (MQ=255) aaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAAtt > 1:7519893/1‑93 (MQ=255) aaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAAtt < 2:7467496/93‑1 (MQ=255) aaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAAtt > 2:7827960/1‑93 (MQ=255) aTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTa < 2:2875162/93‑1 (MQ=255) aTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTa < 2:5358048/93‑1 (MQ=255) aTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTa < 2:5893463/93‑1 (MQ=255) tACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTTATCTCAATTAt > 1:112734/1‑93 (MQ=255) tACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTAt > 2:6255719/1‑93 (MQ=255) tACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTAt > 2:3028213/1‑93 (MQ=255) aCTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGTCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATc < 1:1266330/93‑1 (MQ=255) aCTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATc > 1:1939861/1‑93 (MQ=255) cTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCa < 2:6389846/93‑1 (MQ=255) cTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCa < 2:4489248/93‑1 (MQ=255) tGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCAt < 2:5361025/93‑1 (MQ=255) gcgcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATg < 2:4939156/93‑1 (MQ=255) gcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCg > 2:2008054/1‑93 (MQ=255) tGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGtt > 1:2656582/1‑93 (MQ=255) gCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCAAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAGTCTCAATTATCATGCGTTa > 1:6537052/1‑93 (MQ=255) cACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTaa < 1:4580032/93‑1 (MQ=255) cACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTaa < 1:7292653/93‑1 (MQ=255) aCTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAt < 2:7213952/93‑1 (MQ=255) aCTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAt < 2:1104575/93‑1 (MQ=255) aCTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAt < 1:3351558/93‑1 (MQ=255) cTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATa > 2:6051113/1‑93 (MQ=255) tataCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAg < 2:3792356/93‑1 (MQ=255) tataCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAg > 1:1780950/1‑93 (MQ=255) ataCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGc > 1:365391/1‑93 (MQ=255) ataCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGc < 2:1232074/93‑1 (MQ=255) ataCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGc < 1:2163217/93‑1 (MQ=255) taCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCt < 2:6175459/93‑1 (MQ=255) aCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTg > 2:2780700/1‑93 (MQ=255) aCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTg > 1:4053211/1‑93 (MQ=255) ggggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCGATTATCATGCGTTAATAGCTGCg > 2:4367990/1‑93 (MQ=255) ggggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCg > 1:5430651/1‑93 (MQ=255) ggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTc > 1:3840366/1‑93 (MQ=255) ggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTc < 1:5456416/93‑1 (MQ=255) gTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCg > 2:1593524/1‑93 (MQ=255) ttAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCgg > 1:1019776/1‑93 (MQ=255) ttAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCgg < 1:6556854/93‑1 (MQ=255) taataaAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGt > 2:2975686/1‑93 (MQ=255) taataaAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGt < 2:1666364/93‑1 (MQ=255) aataaaataaAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGtt < 1:5217162/93‑1 (MQ=255) taaaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTg > 2:5446813/1‑93 (MQ=255) taaaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTg > 1:1095331/1‑93 (MQ=255) aataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCACTTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGaaa > 1:7637011/1‑93 (MQ=255) aataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGaaa < 1:7667349/93‑1 (MQ=255) aataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGaaa < 1:2021623/93‑1 (MQ=255) aataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGaaa > 2:6355034/1‑93 (MQ=255) aaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagac < 2:4571955/93‑1 (MQ=255) aaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagac < 1:1439713/93‑1 (MQ=255) aGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagacag > 1:628813/1‑93 (MQ=255) gCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagacaga < 2:4755489/93‑1 (MQ=255) gCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagacaga < 1:5778814/93‑1 (MQ=255) ccAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagacagac < 2:7160558/93‑1 (MQ=255) gATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCAt > 1:5556977/1‑93 (MQ=255) atatTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATa > 2:4035247/1‑93 (MQ=255) tatTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATAc < 2:3690359/93‑1 (MQ=255) tatTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATAc > 2:2263204/1‑93 (MQ=255) tttAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACaa < 2:5803117/93‑1 (MQ=255) ttAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACaaa < 1:804508/93‑1 (MQ=255) tAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAag > 1:2678031/1‑93 (MQ=255) aGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGATAGCATACAAagta < 1:3102251/93‑1 (MQ=255) aGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAagta > 1:2291633/1‑93 (MQ=255) aGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAagta > 1:3229921/1‑93 (MQ=255) gACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAagtag > 2:6478965/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |