| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,311,690 | A→G | intergenic (‑3/‑354) | yciC ← / → yciD | hypothetical protein/putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,311,690 | 0 | A | G | 99.0% | 641.5 / ‑3.8 | 208 | intergenic (‑3/‑354) | yciC/yciD | hypothetical protein/putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (103/103); total (104/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
ATAGCAACGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAA > NC_000913/1311600‑1311779 | aTAGCAACGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGct < 1:7163722/93‑1 (MQ=255)aTAGCAACGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGct < 2:3888549/93‑1 (MQ=255)aTAGCAACGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGct > 2:2030718/1‑93 (MQ=255) tAGCAACGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGctc > 1:6246569/1‑93 (MQ=255) tAGCAACGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGctc > 1:7155861/1‑93 (MQ=255) tAGCAACGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGctc < 1:1556582/93‑1 (MQ=255) aGCAACGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGctct < 1:6564857/93‑1 (MQ=255) gCAACGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCtctc > 2:1713559/1‑93 (MQ=255) aaCGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCt > 2:3188951/1‑93 (MQ=255) cGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑g > 2:1217287/1‑93 (MQ=255) gATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑Ga < 2:6623607/93‑1 (MQ=255) gATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑Ga > 2:117325/1‑93 (MQ=255) aTACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAg < 2:1050838/93‑1 (MQ=255) aTACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAg > 2:3259189/1‑93 (MQ=255) aTACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAg > 1:2491871/1‑93 (MQ=255) tACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGt < 2:7587250/93‑1 (MQ=255) ccAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGttt < 2:4401763/93‑1 (MQ=255) cAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGtttt < 1:7853781/93‑1 (MQ=255) cAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGtttt > 1:7551527/1‑93 (MQ=255) aaCAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGttttt > 1:1190830/1‑92 (MQ=255) aaCAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTa < 1:88099/93‑1 (MQ=255) aCAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTAt > 1:1513260/1‑93 (MQ=255) aCAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTAt > 1:6090413/1‑93 (MQ=255) aGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGc > 1:3575331/1‑93 (MQ=255) gAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCa > 2:4115408/1‑93 (MQ=255) gAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCa > 1:7647971/1‑93 (MQ=255) gAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCa < 1:7060427/93‑1 (MQ=255) aaTGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCA‑GGTATAAGGACTTCGCCGTGATAGACATGCGCTATCCTTGGAGTTTTTTgagg > 1:7399805/1‑90 (MQ=255) aTGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAgg < 1:4212761/93‑1 (MQ=255) tGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGgt < 2:7685829/93‑1 (MQ=255) tGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGgt < 1:1054437/93‑1 (MQ=255) tGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGgt > 1:285118/1‑93 (MQ=255) ggTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGgtg > 2:6250509/1‑93 (MQ=255) tCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGtt < 1:1907437/93‑1 (MQ=255) cATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTa > 1:6214504/1‑93 (MQ=255) aTAAATTGATTACTGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTaa < 1:4923128/93‑1 (MQ=255) aTAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTaa < 2:2043443/93‑1 (MQ=255) tAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAAt > 1:1164780/1‑93 (MQ=255) tAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAAt > 2:2862650/1‑93 (MQ=255) aaaTTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGGCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAAtt < 1:349323/93‑1 (MQ=255) aaTTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTa > 2:3906107/1‑93 (MQ=255) aaTTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTa < 2:6947006/93‑1 (MQ=255) aaTTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTa < 2:5096748/93‑1 (MQ=255) aaTTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTa < 2:1007654/93‑1 (MQ=255) aaTTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTa < 2:5754375/93‑1 (MQ=255) aTTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAg > 1:6754139/1‑93 (MQ=255) ttGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGc < 2:6984634/93‑1 (MQ=255) tGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAgag > 1:5826718/1‑91 (MQ=255) tGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCg < 2:5272811/93‑1 (MQ=255) tGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCg < 1:4386316/93‑1 (MQ=255) tGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCg > 1:5597589/1‑93 (MQ=255) gATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCgg < 2:3343124/93‑1 (MQ=255) aTTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCggg < 2:4884823/93‑1 (MQ=255) aTTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCggg > 1:2509239/1‑93 (MQ=255) 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aagaaATTTCCTGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCGCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGt < 1:7700495/93‑1 (MQ=255) agaaATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTa < 1:3246345/93‑1 (MQ=255) tttCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTg < 1:2102315/93‑1 (MQ=255) cGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTa < 1:4620332/93‑1 (MQ=255) gtgtCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAg > 1:1259730/1‑93 (MQ=255) gtCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGcc > 1:1679254/1‑93 (MQ=255) gtCACGGTATACGGACTGCGCCGTAATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGcc < 1:3268878/93‑1 (MQ=255) aCGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCg < 2:4143795/93‑1 (MQ=255) aCGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCg > 1:1000545/1‑93 (MQ=255) cGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCgg < 2:1415701/93‑1 (MQ=255) ggTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCggg < 1:6013015/93‑1 (MQ=255) gTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGt < 2:2586961/93‑1 (MQ=255) gTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGt < 1:419171/93‑1 (MQ=255) tataCGGACTGAGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTg > 2:7158403/1‑93 (MQ=255) taCGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGgc > 1:5955901/1‑93 (MQ=255) taCGGACTGCGCCGTGATAGACATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGgc > 1:5254937/1‑93 (MQ=255) 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aCATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGa < 2:2916828/93‑1 (MQ=255) cATGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGaa > 1:5962335/1‑93 (MQ=255) aTGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGGAGCAGCAGGTCTTGTGTGGaaa > 2:214371/1‑93 (MQ=255) tGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGaaaa > 1:1832454/1‑93 (MQ=255) tGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGaaaa > 2:6338718/1‑93 (MQ=255) tGCGCTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGaaaa > 1:3420705/1‑93 (MQ=255) | ATAGCAACGATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTT‑GAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAA > NC_000913/1311600‑1311779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |