| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,316,595 | C→T | A406A (GCG→GCA) | trpC ← | N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase and indole‑3‑glycerolphosphate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,316,595 | 0 | C | T | 99.4% | 609.8 / ‑5.4 | 170 | A406A (GCG→GCA) | trpC | N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase and indole‑3‑glycerolphosphate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (85/84); total (85/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
GTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCTAAAACATA > NC_000913/1316510‑1316684 | gTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCcagcag > 1:518856/1‑93 (MQ=255)gTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCcagcag < 1:1526211/93‑1 (MQ=255) tGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGaa < 1:4564143/93‑1 (MQ=255) tGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGaa < 1:4436617/93‑1 (MQ=255) tGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGaa < 1:1668446/93‑1 (MQ=255) tGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCACCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGaa < 2:6028428/93‑1 (MQ=255) cGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACg < 1:2826587/93‑1 (MQ=255) gACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGt > 1:7540136/1‑93 (MQ=255) gACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGt < 2:388255/93‑1 (MQ=255) aCTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGtt < 1:7613417/93‑1 (MQ=255) tctACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGc > 2:7457249/1‑93 (MQ=255) tctACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGc > 1:7901241/1‑93 (MQ=255) ctACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGcc > 2:6519574/1‑93 (MQ=255) ctACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGcc < 2:5212921/93‑1 (MQ=255) cagcagAATTAAAATCACGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACCTTGCCAAg < 2:5131246/93‑1 (MQ=255) cagcagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAg < 1:3255772/93‑1 (MQ=255) cagcagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAg < 2:458856/93‑1 (MQ=255) cagcagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCCCTTCCACGCAGTGATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAg < 1:4875910/93‑1 (MQ=255) agcagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGc > 2:4339200/1‑93 (MQ=255) gcagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCg < 1:2212267/93‑1 (MQ=255) cagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGa < 1:660610/93‑1 (MQ=255) cagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGa < 1:582290/93‑1 (MQ=255) cagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGa < 1:7189488/93‑1 (MQ=255) agAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAt < 1:769587/93‑1 (MQ=255) agAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAt < 1:7358296/93‑1 (MQ=255) agAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGGTGCCAAGCGAt > 1:1097009/1‑93 (MQ=255) gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt < 2:2360712/93‑1 (MQ=255) gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt < 1:3409883/93‑1 (MQ=255) gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt > 2:5359647/1‑93 (MQ=255) aTTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGa > 2:341768/1‑93 (MQ=255) 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tgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGc < 1:3625396/93‑1 (MQ=255) tgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGc > 2:2569596/1‑93 (MQ=255) tgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGc < 1:1008217/93‑1 (MQ=255) ccGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑ACCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACGAGTCAAAACGTTGacc > 2:6572474/1‑93 (MQ=255) ccGCTTCCACGCAGGTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGccc < 2:2721634/93‑1 (MQ=255) cTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCt > 1:5093971/1‑93 (MQ=255) cACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAATGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCa < 2:5520829/93‑1 (MQ=255) aCGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCAc < 2:2311562/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |