Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,341,199 | T→C | S52G (AGT→GGT) | osmB ← | osmotically inducible lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,341,199 | 0 | T | C | 99.6% | 690.8 / ‑5.1 | 221 | S52G (AGT→GGT) | osmB | osmotically inducible lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (132/88); total (132/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.04e-01 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCAC > NC_000913/1341109‑1341288 | gTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACCGc < 2:6367163/93‑1 (MQ=255) gATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACCGCCAt > 1:544187/1‑93 (MQ=255) gATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACCGCCAt > 1:1810409/1‑93 (MQ=255) gATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACCGCCAt > 1:1865582/1‑93 (MQ=255) aTAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTTGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATc < 1:5508644/93‑1 (MQ=255) aTAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACCGCCATc < 1:2553943/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |