| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,502,652 | T→C | A324A (GCT→GCC) | b1432 → | putative virulence protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,502,652 | 0 | T | C | 99.4% | 515.3 / ‑5.9 | 167 | A324A (GCT→GCC) | b1432 | putative virulence protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (95/70); total (95/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TTAAACCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCTGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCGCCTGTCACAAAGTAAATTCAGATGCCA > NC_000913/1502563‑1502741 | ttAAACCATACGATACTGGATCAGGTCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGtt < 1:4847791/93‑1 (MQ=255) tAAACCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTc < 2:1639963/93‑1 (MQ=255) tAAACCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTc < 1:3916856/93‑1 (MQ=255) aaaCCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGGCAGGTGCTTGCCGTTcc > 1:663845/1‑93 (MQ=255) aaCCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCg > 2:827522/1‑93 (MQ=255) aaCCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCg > 1:2096970/1‑93 (MQ=255) 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tGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTa > 1:196145/1‑93 (MQ=255) tGAAATGCCCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTa < 1:2534619/93‑1 (MQ=255) gAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCTTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTAc < 1:2470800/93‑1 (MQ=255) aaaaTGCACCTCAGGCTTGCGTATAAGCAGCTAAGGAGAGACAGTCAGGAGCTTGCTTTCCCGCCAGCTTATACAATCCAGCGTTACACGTAc < 2:7221097/92‑1 (MQ=255) aaTGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtg > 2:1933735/1‑93 (MQ=255) aaTGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtg > 1:4569413/1‑93 (MQ=255) aTGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtgt > 2:6011622/1‑93 (MQ=255) aTGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtgg > 2:1396919/1‑92 (MQ=255) tGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGCCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtgtg > 1:8346/1‑93 (MQ=255) ccgccAGCTTGCGTATACGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCa < 1:1449752/93‑1 (MQ=255) ccgccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCa > 1:3330205/1‑93 (MQ=255) ccgccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCa > 1:5380244/1‑93 (MQ=255) ccgccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCa < 2:6705591/93‑1 (MQ=255) cgccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCAt > 1:4191381/1‑93 (MQ=255) cgccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGCCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCAt < 1:7691372/93‑1 (MQ=255) ccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATAc < 2:5815820/93‑1 (MQ=255) ccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATAc > 2:7394411/1‑93 (MQ=255) ccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATAc > 1:1039222/1‑93 (MQ=255) ccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGGGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGCACTGTGGTCATAc < 1:1485458/93‑1 (MQ=255) cAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACa < 1:7059805/93‑1 (MQ=255) aGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGCCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGCATACAAGCCAGCCTTGCGCGTACTGTGGTGATACac > 2:4294466/1‑92 (MQ=255) gCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGc > 1:5824051/1‑93 (MQ=255) gCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGc > 1:128961/1‑93 (MQ=255) ttGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGa > 2:4619241/1‑93 (MQ=255) ttGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGa > 1:6522310/1‑93 (MQ=255) tGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGaa > 2:1064950/1‑93 (MQ=255) gCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGaaa < 2:3062781/93‑1 (MQ=255) gCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGaaa < 1:5940833/93‑1 (MQ=255) cGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAag > 2:3209933/1‑93 (MQ=255) gTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAaga > 1:2616239/1‑93 (MQ=255) gTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAaga > 1:5064953/1‑93 (MQ=255) gTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGCCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAaga > 1:5795625/1‑93 (MQ=255) tataAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAagag > 1:2902570/1‑93 (MQ=255) tataAGCAGCTCTGGCGTGGCGGCCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAagag > 2:1820487/1‑93 (MQ=255) ataAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAgaga < 1:6189542/93‑1 (MQ=255) taAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGaa < 2:4741136/93‑1 (MQ=255) taAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGaa < 1:4744693/93‑1 (MQ=255) taAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGaa < 1:3315713/93‑1 (MQ=255) taAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGaa < 2:2532829/93‑1 (MQ=255) taAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGaa > 1:2232733/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |