Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 137,057 | G→A | intergenic (‑140/‑26) | yacC ← / → yacK | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 137,057 | 0 | G | A | 99.3% | 980.0 / NA | 289 | intergenic (‑140/‑26) | yacC/yacK | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (105/182); total (105/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
AGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGT > NC_000913/136967‑137146 | agGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCAcc < 2:205478/93‑1 (MQ=255) agGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCAcc < 1:980072/93‑1 (MQ=255) ggCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCt < 1:2026120/93‑1 (MQ=255) ggCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCt < 2:1087851/93‑1 (MQ=255) gacgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCt > 2:5992004/1‑93 (MQ=255) gacgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCt < 1:5650321/93‑1 (MQ=255) gacgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCCCAAGGGGGAGGACTATGCTCAACCTTTTATTTTTTTTTACCTGCt > 2:7245849/1‑93 (MQ=255) acgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCtt > 2:887412/1‑93 (MQ=255) gacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTTACCTGCTTaa > 2:5602413/1‑93 (MQ=255) gacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTaa < 1:14018/93‑1 (MQ=255) gacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTaa > 1:6591610/1‑93 (MQ=255) gacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTaa < 1:6347213/93‑1 (MQ=255) gacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGAACTTTCCGGAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTTTTTCTCCTGCttta > 2:4008148/1‑91 (MQ=255) acCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAg > 1:1180068/1‑93 (MQ=255) ccATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGa < 1:2860711/93‑1 (MQ=255) cATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGaa < 1:5556885/93‑1 (MQ=255) cATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGaa > 1:5185756/1‑93 (MQ=255) attattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAAt < 1:2243098/93‑1 (MQ=255) attattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAAt < 2:5006902/93‑1 (MQ=255) tattGTCGATTAAATTGTGTCTGCTGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATaa < 1:5058750/93‑1 (MQ=255) tattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATaa < 1:7822560/93‑1 (MQ=255) attGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTTTTTCACCTGCTTTAGAATAAg > 1:6099458/1‑93 (MQ=255) attGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAg < 2:1390403/93‑1 (MQ=255) ttGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGGAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAgg > 2:3710983/1‑93 (MQ=255) ttGTCGATTAAATTGGGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAgg < 1:7907417/93‑1 (MQ=255) gTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGCTTTTGTTTCTCCTGCTTAAGAATAAggga > 1:6672439/1‑91 (MQ=255) gTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGaa < 2:3045314/93‑1 (MQ=255) tCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGGAGGACTATTCTCAAAGGTTGATTTTTTTTCACCTGGTTAAGAATAAGGgaa > 1:29213/1‑93 (MQ=255) tCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGaaa > 2:7905058/1‑93 (MQ=255) cGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAAt < 1:6749892/93‑1 (MQ=255) cGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAAt < 1:6908251/93‑1 (MQ=255) gATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGAGCTTTCCGCAAAGGGGAGGGCTATGATCTACGCTTGCTTTTTTTTCACCTGCTTTAGAATAAGGGAATa > 2:4664226/1‑93 (MQ=255) gATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATa < 2:4163424/93‑1 (MQ=255) tAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACt > 2:5230537/1‑93 (MQ=255) tAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACt < 2:3143055/93‑1 (MQ=255) aaaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTa < 1:4756092/93‑1 (MQ=255) aaaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTa < 1:2562937/93‑1 (MQ=255) aTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTTACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATg > 1:1949502/1‑93 (MQ=255) 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tGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTc > 2:2549380/1‑93 (MQ=255) tGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTc < 1:5973545/93‑1 (MQ=255) aCCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCtt > 2:5725456/1‑93 (MQ=255) aCCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCtt < 1:7104350/93‑1 (MQ=255) cTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAAGGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaa > 2:4838066/1‑93 (MQ=255) cTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaa < 1:1847875/93‑1 (MQ=255) cTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaa > 1:3278165/1‑93 (MQ=255) ttCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaaa > 1:5817164/1‑93 (MQ=255) ttCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaaa > 1:2371903/1‑93 (MQ=255) ttCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaaa > 2:3837600/1‑93 (MQ=255) tCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaaaa > 1:2286571/1‑93 (MQ=255) tCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaaaa < 1:7497570/93‑1 (MQ=255) cccGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAat < 2:4509497/93‑1 (MQ=255) cccGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAat < 2:5680567/93‑1 (MQ=255) ccGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAata < 2:6280077/93‑1 (MQ=255) ccGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAata < 2:1557293/93‑1 (MQ=255) ccGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAata < 1:3107818/93‑1 (MQ=255) gTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATAtt > 2:1891210/1‑93 (MQ=255) gTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATAtt < 2:7433162/93‑1 (MQ=255) tAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTc < 1:4410720/93‑1 (MQ=255) tAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTc > 1:6186867/1‑93 (MQ=255) tAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTc < 2:5490378/93‑1 (MQ=255) aaGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTcc < 1:2680281/93‑1 (MQ=255) ggggAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGt > 1:1296327/1‑93 (MQ=255) 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aTTTTGTTTCACCTTCTTAAGAATAAGTAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTg < 1:7579842/93‑1 (MQ=255) ttGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCg > 2:1125265/1‑93 (MQ=255) tGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGc < 2:6651025/93‑1 (MQ=255) tGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGc < 2:6765089/93‑1 (MQ=255) tGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGc < 2:2184544/93‑1 (MQ=255) gTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCt < 2:4367075/93‑1 (MQ=255) | AGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGT > NC_000913/136967‑137146 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |