| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,695,258 | T→C | intergenic (‑182/+39) | uidR ← / ← hdhA | repressor for uid operon/NAD‑dependent 7alpha‑hydroxysteroid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,695,258 | 0 | T | C | 99.5% | 646.6 / ‑4.9 | 206 | intergenic (‑182/+39) | uidR/hdhA | repressor for uid operon/NAD‑dependent 7alpha‑hydroxysteroid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (109/95); total (110/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |