| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,695,310 | T→C | Q252R (CAG→CGG) | hdhA ← | NAD‑dependent 7alpha‑hydroxysteroid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,695,310 | 0 | T | C | 99.5% | 629.5 / NA | 202 | Q252R (CAG→CGG) | hdhA | NAD‑dependent 7alpha‑hydroxysteroid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (106/95); total (106/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCAATATCT > NC_000913/1695220‑1695399 | ccAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGt < 1:1386787/93‑1 (MQ=255) cAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTa < 1:4601863/93‑1 (MQ=255) cAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTa < 2:3024276/93‑1 (MQ=255) cAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGGTGTTTACCGGTCCGCTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTa > 1:7229073/1‑93 (MQ=255) gTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAcc < 1:2664774/93‑1 (MQ=255) ttATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAccc > 2:627717/1‑93 (MQ=255) ttATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAccc < 2:304437/93‑1 (MQ=255) aTTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAccccc > 2:7188393/1‑92 (MQ=255) aTTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCcca > 1:1076712/1‑93 (MQ=255) aTTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCcca < 2:4218430/93‑1 (MQ=255) ttAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGGCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACTccacc > 1:1310641/1‑93 (MQ=255) aGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCcaccac < 2:4561801/93‑1 (MQ=255) gCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCaccacc > 1:6628112/1‑93 (MQ=255) agagACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCgg > 2:6431320/1‑93 (MQ=255) agagACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATGGAGCTCCCGTACCCCACCACCgg > 2:4304377/1‑93 (MQ=255) gagaCGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGga < 2:3497145/93‑1 (MQ=255) gagaCGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGga > 2:2039117/1‑93 (MQ=255) gaCGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGgaga < 2:2380698/93‑1 (MQ=255) gaCGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGgaga > 1:4730882/1‑93 (MQ=255) cGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACg < 2:513029/93‑1 (MQ=255) cGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACg < 2:212274/93‑1 (MQ=255) ttGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACggg > 2:727758/1‑92 (MQ=255) 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tgaGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTgaga > 1:5893068/1‑93 (MQ=255) gaGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGaa > 2:7885298/1‑93 (MQ=255) gTTTATCCCGGCAAACAACACGCAAGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAAtt > 2:7586045/1‑93 (MQ=255) tttATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAAttt < 1:3853680/93‑1 (MQ=255) tATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGt > 1:2269590/1‑93 (MQ=255) tCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTcc < 2:4890806/93‑1 (MQ=255) ggcaaaCAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCtt < 1:5273725/90‑1 (MQ=255) caaaCAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTCCCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTAc < 1:5096986/92‑1 (MQ=255) 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cacgcacgGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTc < 2:5715384/93‑1 (MQ=255) gcacgGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCgca > 1:4124222/1‑93 (MQ=255) acgGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCgcagc > 1:5515405/1‑93 (MQ=255) acgGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGGATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGCATTTGTCCGCTTACCCAGCTCgcagc > 1:4340957/1‑93 (MQ=255) ggTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGcagcag > 1:2375848/1‑93 (MQ=255) ggTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGcagcag < 2:4231924/93‑1 (MQ=255) gttgttTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAgg > 2:6863431/1‑93 (MQ=255) gttgttTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAgg > 2:1993021/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |