Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 160,649 | A→G | intergenic (‑45/+133) | dksA ← / ← sfsA | DksA/putative regulator for maltose metabolism |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 160,649 | 0 | A | G | 99.6% | 886.2 / ‑4.9 | 281 | intergenic (‑45/+133) | dksA/sfsA | DksA/putative regulator for maltose metabolism |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (125/155); minor base T (0/1); total (125/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.20e-01 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
GAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATT > NC_000913/160560‑160738 | aaTACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATg < 1:2397186/93‑1 (MQ=255) aTACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGa < 1:2948838/93‑1 (MQ=255) aTACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTAACGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGa < 2:185836/93‑1 (MQ=255) tACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAg < 2:3445709/93‑1 (MQ=255) tCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGcc > 1:6251748/1‑93 (MQ=255) tCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGcc > 2:2147309/1‑93 (MQ=255) tCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGcc > 2:5307369/1‑93 (MQ=255) tCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGcc > 1:2031738/1‑93 (MQ=255) tCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGcc > 1:1692347/1‑93 (MQ=255) aGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGc < 2:4661944/93‑1 (MQ=255) gggACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCt > 2:7662210/1‑93 (MQ=255) gggACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCt < 1:762148/93‑1 (MQ=255) ggACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCta < 2:3523287/93‑1 (MQ=255) ggACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCta < 2:5266605/93‑1 (MQ=255) gACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCtat < 2:6871618/93‑1 (MQ=255) cGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATaa < 2:7758880/93‑1 (MQ=255) gATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATaaa < 2:5983939/93‑1 (MQ=255) gATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATaaa > 1:3016955/1‑93 (MQ=255) gTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAg < 2:6692446/93‑1 (MQ=255) gTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAg < 2:6424936/93‑1 (MQ=255) tttACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCa < 2:4099935/93‑1 (MQ=255) tttACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCa > 1:6879094/1‑93 (MQ=255) tttACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCa < 2:148346/93‑1 (MQ=255) tttACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCa > 2:5852651/1‑93 (MQ=255) tttACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCa < 1:1962909/93‑1 (MQ=255) tttACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCa > 1:1392235/1‑93 (MQ=255) tACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGa < 2:3844845/93‑1 (MQ=255) aCGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGAt < 2:2286204/93‑1 (MQ=255) gTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCt < 1:1023138/93‑1 (MQ=255) tttGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCttt < 1:3235076/93‑1 (MQ=255) ttacccTTATTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCACTATAAATCGCAGCTGCtttt < 2:7044284/90‑1 (MQ=255) gCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTcc > 1:281321/1‑93 (MQ=255) cccTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCg < 1:5695971/93‑1 (MQ=255) cccGTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAGCACGCACTATCGATCGCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCg < 2:5395260/93‑1 (MQ=255) ccTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCTATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCgg > 1:4856602/1‑93 (MQ=255) ccTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCgg > 1:1352660/1‑93 (MQ=255) ccTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCgg < 2:2964929/93‑1 (MQ=255) cttcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGa < 1:5236040/93‑1 (MQ=255) cttcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGa < 1:5728473/93‑1 (MQ=255) cttcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGa > 2:6584875/1‑93 (MQ=255) cttcttGAATGTTGCTTCTCCTTAACACGCGCTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGa < 2:4780832/93‑1 (MQ=255) ttcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGAt > 2:175492/1‑93 (MQ=255) ttcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGAt < 2:1952275/93‑1 (MQ=255) tcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATa < 1:968343/93‑1 (MQ=255) tcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATa < 2:2491824/93‑1 (MQ=255) tcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATa < 1:5526081/93‑1 (MQ=255) cttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAg < 2:234549/93‑1 (MQ=255) gtGCATTTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGc < 2:2782623/92‑1 (MQ=255) gCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCaa > 1:4415046/1‑93 (MQ=255) cATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAAt < 1:4454746/93‑1 (MQ=255) aTGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAAtt > 2:1213838/1‑93 (MQ=255) tGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTa < 1:7200469/93‑1 (MQ=255) tGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTa > 1:1636590/1‑93 (MQ=255) gTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTAt > 2:3016717/1‑93 (MQ=255) tGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCt < 2:5135159/93‑1 (MQ=255) tGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCt < 1:3396053/93‑1 (MQ=255) gCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTa > 2:1520959/1‑93 (MQ=255) ttCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTaaa < 1:4266036/93‑1 (MQ=255) ttCTCCGTAACACGCACTAGCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTaaa < 1:670549/93‑1 (MQ=255) tctcCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAAc < 1:1894516/93‑1 (MQ=255) tcCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGt > 1:3766991/1‑93 (MQ=255) ccTGAACACGCACTATCGATCCCAAGGTTCGGGCGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTa < 2:2177771/93‑1 (MQ=255) cTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTaa < 1:681239/93‑1 (MQ=255) cTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTaa < 1:3966923/93‑1 (MQ=255) acacGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACt > 1:6426407/1‑93 (MQ=255) acacGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACt < 1:5374711/93‑1 (MQ=255) acacGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACt < 1:2564138/93‑1 (MQ=255) cacGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGTAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACtt < 2:321013/93‑1 (MQ=255) cGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGa < 2:5640977/93‑1 (MQ=255) cGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGa > 2:5501788/1‑93 (MQ=255) 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cGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCGGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGt < 1:3106477/93‑1 (MQ=255) cGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGt < 1:7354898/93‑1 (MQ=255) ggggggAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTa > 2:3719039/1‑93 (MQ=255) ggggggAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTa < 2:7891665/93‑1 (MQ=255) ggggAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTAtt < 2:1177156/93‑1 (MQ=255) ggggAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTAtt < 1:7084116/93‑1 (MQ=255) | GAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATT > NC_000913/160560‑160738 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |