| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,787,068 | G→A | A204T (GCC→ACC) | aroH → | 3‑deoxy‑D‑arabinoheptulosonate‑7‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,787,068 | 0 | G | A | 98.9% | 580.4 / ‑4.8 | 180 | A204T (GCC→ACC) | aroH | 3‑deoxy‑D‑arabinoheptulosonate‑7‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (92/85); total (94/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
GCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGT > NC_000913/1786981‑1787157 | gCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCaccagc > 2:6383670/1‑93 (MQ=255) cTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCaccagcc > 2:2726624/1‑93 (MQ=255) tCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCat > 1:6493301/1‑93 (MQ=255) tCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCat < 2:7351670/93‑1 (MQ=255) cGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCata < 2:2429610/93‑1 (MQ=255) cGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCata > 1:3249186/1‑93 (MQ=255) cGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCata < 1:248478/93‑1 (MQ=255) cACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGt > 2:143899/1‑93 (MQ=255) aCTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGtt > 1:26960/1‑93 (MQ=255) aCTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGCACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGtt > 1:5112144/1‑93 (MQ=255) ctctCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTc > 2:5965618/1‑93 (MQ=255) ctctCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTc > 2:4557736/1‑93 (MQ=255) tctcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTcc < 1:153711/93‑1 (MQ=255) tctcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTcc > 1:2980895/1‑93 (MQ=255) tcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATCCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCctc < 2:7829305/93‑1 (MQ=255) ccGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCa < 2:1628725/93‑1 (MQ=255) cGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCCTATGTTCCTCTCGCCAg > 1:6195123/1‑93 (MQ=255) cGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAg > 1:6184468/1‑93 (MQ=255) gTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGGAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGAc > 1:2276952/1‑93 (MQ=255) gTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGaa > 2:6124390/1‑92 (MQ=255) gTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGAc < 1:7281577/93‑1 (MQ=255) gTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGAc < 2:4551848/93‑1 (MQ=255) gTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGAc > 2:2603764/1‑93 (MQ=255) ggTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaa > 1:2455518/1‑93 (MQ=255) ggTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaa < 1:6556124/93‑1 (MQ=255) ggTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaa > 1:7859943/1‑93 (MQ=255) ggTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaa > 1:4454253/1‑93 (MQ=255) gTTTTAAAAATGGTCCCGATGGCAATCCGGGGATTGCTGGGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaa < 1:1025680/93‑1 (MQ=255) gTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaa > 1:2874724/1‑93 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaaa < 2:1404162/93‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaaa > 1:7391920/1‑93 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaaa > 1:3587983/1‑93 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaaa > 2:5806912/1‑93 (MQ=255) tAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATgt > 1:1251426/1‑92 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCa > 2:2957791/1‑93 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCa > 2:2777551/1‑93 (MQ=255) aTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGa < 1:4582655/93‑1 (MQ=255) aTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGa < 1:6334130/93‑1 (MQ=255) tGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCCCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt < 2:7326884/93‑1 (MQ=255) tGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt > 1:4801098/1‑93 (MQ=255) tGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt < 2:7635955/93‑1 (MQ=255) tACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGAc > 2:334167/1‑93 (MQ=255) tACCGAGGACAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGAc < 1:498688/93‑1 (MQ=255) aCCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGAcc > 2:6493267/1‑93 (MQ=255) ccGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa < 1:2939222/93‑1 (MQ=255) ccGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa < 1:6814818/93‑1 (MQ=255) cGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTGCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCAt > 2:5645598/1‑93 (MQ=255) gATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATc < 2:659037/93‑1 (MQ=255) gATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATc > 1:4148907/1‑93 (MQ=255) gATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATc > 2:5116946/1‑93 (MQ=255) aTGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCt > 1:340883/1‑93 (MQ=255) aTGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCt > 1:1417688/1‑93 (MQ=255) gCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTACCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATc < 2:5629514/93‑1 (MQ=255) cAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCa < 2:6868710/93‑1 (MQ=255) cAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCa < 1:3967944/93‑1 (MQ=255) aaTACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAg < 2:2698971/93‑1 (MQ=255) aCGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGAcc < 2:1228657/93‑1 (MQ=255) cgcgTATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCa < 1:3304332/93‑1 (MQ=255) cgGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGc < 1:2015674/93‑1 (MQ=255) cgGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGc > 1:551036/1‑93 (MQ=255) ggATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCg > 1:5463497/1‑93 (MQ=255) ggATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCg < 2:2289886/93‑1 (MQ=255) ggATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCg > 1:7696646/1‑93 (MQ=255) gATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCgg > 1:1735928/1‑93 (MQ=255) gATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCgg > 1:858875/1‑93 (MQ=255) gATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCgg < 1:2305485/93‑1 (MQ=255) gATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGANGACCATCTATCAGNCCAGCgg > 1:5101600/1‑93 (MQ=255) gATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCAACAGCCATATGTTCCTCTCGCCTGACAAAAATGGTCAGANGACCATCTATCNGNCCAGNgg > 1:5101601/1‑93 (MQ=255) ttGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCa > 2:3825340/1‑93 (MQ=255) gCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAAc > 1:1057554/1‑93 (MQ=255) ggATTCTATCCGTGCACCCCGCCCGAGCCATATGTGCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGAACAGCGGCAACCCGTa < 2:1066485/93‑1 (MQ=255) ggATGCTATCCGCTCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTa < 2:2455820/93‑1 (MQ=255) ggATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTa < 1:6840987/93‑1 (MQ=255) ggATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTa > 1:2221685/1‑93 (MQ=255) gATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTAt > 2:3412983/1‑93 (MQ=255) gATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTAt < 2:7698766/93‑1 (MQ=255) gATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTAt < 1:6973651/93‑1 (MQ=255) aTGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATg < 2:6291017/93‑1 (MQ=255) tATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCca > 1:3771555/1‑93 (MQ=255) tCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCcaca < 2:6646266/93‑1 (MQ=255) tCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCcaca > 1:7272099/1‑93 (MQ=255) ccGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACat > 2:3122331/1‑93 (MQ=255) gcgcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACatta < 2:443430/93‑1 (MQ=255) gcgcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACatta < 1:451824/93‑1 (MQ=255) cgcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACattat < 1:1986087/93‑1 (MQ=255) cgcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACattat > 1:579965/1‑93 (MQ=255) gcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACattatt < 2:5404552/93‑1 (MQ=255) gcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATAGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACattatt > 2:4659192/1‑93 (MQ=255) ccAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACattatt < 1:6307095/92‑1 (MQ=255) cAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACAttatta < 1:594727/93‑1 (MQ=255) cAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACAttatta > 2:2009420/1‑93 (MQ=255) cAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACAttatta < 1:1379778/93‑1 (MQ=255) aGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATtattat > 2:2972074/1‑93 (MQ=255) gCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATg > 2:924188/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |