| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,892,514 | T→C | intergenic (+58/+62) | b1810 → / ← b1811 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,892,514 | 0 | T | C | 99.0% | 598.5 / ‑3.7 | 195 | intergenic (+58/+62) | b1810/b1811 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (128/64); total (131/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
TATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCC > NC_000913/1892424‑1892603 | tatatGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGccc < 1:6350137/93‑1 (MQ=255)tatatGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGccc < 1:7752404/93‑1 (MQ=255) atatGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCt > 1:4466592/1‑93 (MQ=255) atatGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCt < 2:4426568/93‑1 (MQ=255) atGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCttt > 2:1478745/1‑93 (MQ=255) atGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCttt > 2:2381203/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |