| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,010,514 | T→C | intergenic (‑141/‑10) | yedM ← / → b1936 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,010,514 | 0 | T | C | 99.6% | 725.8 / NA | 230 | intergenic (‑141/‑10) | yedM/b1936 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (122/107); total (123/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
ATAAAATTACCACTATCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAGGGGGGTTATCGCGTATACGGATC > NC_000913/2010425‑2010603 | tAAAATTACCACTATCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACCGTTg > 2:2626100/1‑93 (MQ=255) tAAAATTACCACTATCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACCGTTg < 1:2271306/93‑1 (MQ=255) aaaaTTACCACTATCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACCGTTGc < 2:7856135/93‑1 (MQ=255) aaaaTTACCACTATCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACCGTTGc < 2:4527456/93‑1 (MQ=255) aaaaTTACCACTATCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACCGTTGc < 2:3770532/93‑1 (MQ=255) aaaaTTACCACTATCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACCGTTGc > 1:532128/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |