Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,087,857 | T→C | intergenic (‑95/‑161) | yefM ← / → hisL | hypothetical protein/his operon leader peptide |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,087,857 | 0 | T | C | 98.8% | 772.5 / ‑4.2 | 246 | intergenic (‑95/‑161) | yefM/hisL | hypothetical protein/his operon leader peptide |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (131/112); total (133/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAG > NC_000913/2087767‑2087946 | cAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGgcgc < 2:7914691/93‑1 (MQ=255) aaTGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGcc > 2:3865704/1‑93 (MQ=255) aaTGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGcc > 1:1890666/1‑93 (MQ=255) aaTGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGcc > 1:3688159/1‑93 (MQ=255) gatgaGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATc > 1:925372/1‑93 (MQ=255) gaGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGc < 1:7751048/93‑1 (MQ=255) 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gTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGCCCTCTTAGCCCCCTCCttt > 2:3515292/1‑93 (MQ=255) tAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTc > 1:6421748/1‑93 (MQ=255) aGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTcc > 2:5763022/1‑93 (MQ=255) gATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTccc > 1:4223089/1‑93 (MQ=255) gATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTccc < 1:976714/93‑1 (MQ=255) tCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCg > 1:6924118/1‑93 (MQ=255) tggTATTGTCAGTGAGTCGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCAGCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCTCCGCtc > 2:7020186/2‑93 (MQ=255) aGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtc > 2:1954007/1‑93 (MQ=255) 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tATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAAtatata > 2:5877157/1‑93 (MQ=255) tttttGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATaaa < 2:4858670/93‑1 (MQ=255) tttttGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATaaa < 2:3228321/93‑1 (MQ=255) tttGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATaaaaa > 2:2220348/1‑93 (MQ=255) tgtGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATaaaaa < 1:3429083/91‑1 (MQ=255) ttGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATaaaaaa < 2:1258481/93‑1 (MQ=255) | CAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAG > NC_000913/2087767‑2087946 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |