| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,167,779 | T→C | intergenic (+146/‑470) | b2086 → / → b2088 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,167,779 | 0 | T | C | 99.6% | 764.5 / ‑5.0 | 243 | intergenic (+146/‑470) | b2086/b2088 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (123/119); total (123/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
CACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATC > NC_000913/2167689‑2167868 | cacCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACCCCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGcacca < 1:7432008/93‑1 (MQ=255)cacCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGcacca < 1:4884283/93‑1 (MQ=255) cccTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGcaccat < 2:1729047/92‑1 (MQ=255) ccTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCaccatc < 2:1932894/93‑1 (MQ=255) ccTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCaccatc < 2:6169168/93‑1 (MQ=255) ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCgg > 2:1107421/1‑93 (MQ=255) 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ggCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaataa > 1:2599579/1‑93 (MQ=255) ggCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaataa > 1:5441616/1‑93 (MQ=255) gCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaataat < 2:5741415/93‑1 (MQ=255) cATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaataata < 1:2104029/93‑1 (MQ=255) cATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaataata < 2:4491887/93‑1 (MQ=255) tACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTaataataat > 1:3322240/1‑93 (MQ=255) tACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTaataataat > 2:4572578/1‑93 (MQ=255) aCAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATg > 1:563791/1‑93 (MQ=255) aCAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATg < 2:1037568/93‑1 (MQ=255) aGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTc > 1:4178694/1‑93 (MQ=255) aGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTc < 2:2689569/93‑1 (MQ=255) gAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCa > 2:4999642/1‑93 (MQ=255) gAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCa > 2:7577546/1‑93 (MQ=255) gAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCa < 2:1400543/93‑1 (MQ=255) gAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCa > 2:7417488/1‑93 (MQ=255) gAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCa < 2:6783828/93‑1 (MQ=255) gAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACACCACCATCGGTAATAATAATGTCa > 2:1370180/1‑93 (MQ=255) aaTACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAttt > 1:1593357/1‑93 (MQ=255) tactacACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAAttttt < 1:6243780/93‑1 (MQ=255) tactacACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAttttt < 1:7805965/93‑1 (MQ=255) tactacACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAttttt > 2:317632/1‑93 (MQ=255) tacACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCg > 1:2863658/1‑93 (MQ=255) tacACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCg > 2:1854386/1‑93 (MQ=255) acacCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa < 2:4199712/93‑1 (MQ=255) 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ttaattTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgtagta > 2:3206916/1‑93 (MQ=255) taattTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc < 2:4712636/93‑1 (MQ=255) aattTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAcc < 2:2561824/93‑1 (MQ=255) ttACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAt < 1:4350199/93‑1 (MQ=255) tcaCCCACGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAt < 2:681472/91‑1 (MQ=255) tACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAtt < 2:7386440/93‑1 (MQ=255) tACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAtt > 2:719698/1‑93 (MQ=255) aCCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTa > 2:7919837/1‑93 (MQ=255) 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cacaGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGc > 1:6411923/1‑93 (MQ=255) acaGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCa > 2:6761030/1‑93 (MQ=255) gCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCaa > 1:6781250/1‑91 (MQ=255) gCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATc > 2:2603166/1‑93 (MQ=255) gCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATc > 2:2397528/1‑93 (MQ=255) gCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATc > 1:72202/1‑93 (MQ=255) | CACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATC > NC_000913/2167689‑2167868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |