| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,195,623 | T→C | intergenic (+1270/‑2676) | metG → / → yehI | methionine tRNA synthetase/putative regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,195,623 | 0 | T | C | 99.6% | 860.0 / ‑4.5 | 269 | intergenic (+1270/‑2676) | metG/yehI | methionine tRNA synthetase/putative regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (176/92); minor base G (1/0); total (177/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
ATGAGCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGTATTACAGGAGCAAGGTGTTGCAGCCCTGCCCCGATTTGCTCCCTATGCCGCAAGTGACTACTGCGCCGATGTGTTGCGTCATATCAATC > NC_000913/2195533‑2195712 | atgaGCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCAt > 2:3949679/1‑93 (MQ=255) aGCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCATTAc < 1:1504753/93‑1 (MQ=255) aGCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCATTAc > 2:6625688/1‑93 (MQ=255) gCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCATTACa < 1:3409161/93‑1 (MQ=255) gCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCATTACa < 1:320587/93‑1 (MQ=255) cacaTTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCATTACAg > 2:2973838/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |