| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,449,280 | T→C | T109A (ACC→GCC) | b2335 ← | putative fimbrial protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,449,280 | 0 | T | C | 98.9% | 863.8 / ‑3.2 | 283 | T109A (ACC→GCC) | b2335 | putative fimbrial protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (143/137); total (145/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
GGTTATTGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGTGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCAAGTCGTTAGCAAGACTGTTTGTG > NC_000913/2449190‑2449368 | ggTTATTGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGa > 2:3257521/1‑93 (MQ=255)ggTTATTGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGa > 2:4269701/1‑93 (MQ=255) gTTATTGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGat < 1:1948595/93‑1 (MQ=255) ttatttatATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCCCCCACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGata < 1:1096628/93‑1 (MQ=255) ttATTGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGata < 1:5076046/93‑1 (MQ=255) ttATTGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGata > 2:6772764/1‑93 (MQ=255) tATTGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGatat > 2:3188034/1‑93 (MQ=255) tATTGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGatat < 2:2072659/93‑1 (MQ=255) aTTGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATAtt < 1:5893021/93‑1 (MQ=255) ttGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTg > 2:5896686/1‑93 (MQ=255) ttGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTg > 1:3585108/1‑93 (MQ=255) ttGATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTg < 2:7465684/93‑1 (MQ=255) gATATTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGt > 2:3149989/1‑93 (MQ=255) atatTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTa > 2:5280594/1‑93 (MQ=255) atatTAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTa > 1:3970105/1‑93 (MQ=255) atTAAATGGAGTCCAGCGATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGACGCTATTGGTACt > 2:4905487/1‑93 (MQ=255) tAAATGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGa > 2:2908065/1‑93 (MQ=255) aaaTGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAg > 1:5328477/1‑93 (MQ=255) aaaTGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAg < 2:4331101/93‑1 (MQ=255) aaTGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTGCTGAga > 1:1479470/1‑92 (MQ=255) tGGCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTAc < 2:5911324/93‑1 (MQ=255) ggCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTAcc > 1:7839460/1‑93 (MQ=255) ggCGTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTAcc < 2:4196426/93‑1 (MQ=255) gTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGtt > 1:1141358/1‑93 (MQ=255) gTCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGtt < 2:4603376/93‑1 (MQ=255) tCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGttt > 2:2593541/1‑93 (MQ=255) tCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGttt > 1:2704471/1‑93 (MQ=255) tCCAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGttt > 2:5562838/1‑93 (MQ=255) ccAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCTAATTCCCATCCCTGCGATAGTGTGACTGAGTACCGTTTc > 1:7032790/1‑93 (MQ=255) ccAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTc > 2:3070431/1‑93 (MQ=255) ccAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTc < 2:7127274/93‑1 (MQ=255) ccAGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTc < 1:7155769/93‑1 (MQ=255) aGCTATTTTCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGc > 1:1751806/1‑93 (MQ=255) ttttCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTa > 2:1411021/1‑93 (MQ=255) ttttCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTa > 1:2953228/1‑93 (MQ=255) tttCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTaa < 2:4450351/93‑1 (MQ=255) tttCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTaa < 1:141539/93‑1 (MQ=255) ttCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAAt < 2:1645352/93‑1 (MQ=255) tCACCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATc < 2:2295955/93‑1 (MQ=255) aCCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGt > 1:374277/1‑93 (MQ=255) aCCGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGt > 2:2234151/1‑93 (MQ=255) aCCGACGGCAAACAATGAGGTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGt < 1:6852712/93‑1 (MQ=255) ccGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGtt > 2:6392911/1‑93 (MQ=255) ccGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGtt > 2:3606656/1‑93 (MQ=255) cGACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTg < 1:733531/93‑1 (MQ=255) gACGGCAAACAATGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGa < 2:683722/93‑1 (MQ=255) 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tGAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCtt > 2:5424673/1‑93 (MQ=255) gAGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTa < 2:1577375/93‑1 (MQ=255) aGTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTaa < 2:2951365/93‑1 (MQ=255) gTTATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAg > 2:6920725/1‑93 (MQ=255) gtATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGt < 1:2073871/92‑1 (MQ=255) tATCGGCGCTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGtt < 2:3940882/93‑1 (MQ=255) gcgcTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATc < 2:7787472/93‑1 (MQ=255) gcgcTATTTTCTATCCGAAGGCCCAGCGCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATc < 1:3110213/93‑1 (MQ=255) cgcTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATcc < 1:6964656/93‑1 (MQ=255) gcTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTACTCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCg > 1:2134679/1‑93 (MQ=255) gcTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCg > 1:1622887/1‑93 (MQ=255) gcTATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCg > 2:7918867/1‑93 (MQ=255) tATTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCa < 2:846011/93‑1 (MQ=255) aTTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCaa < 1:888138/93‑1 (MQ=255) aTTTTCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCaa < 1:4755608/93‑1 (MQ=255) ttttCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCAAg < 2:5773728/93‑1 (MQ=255) tttCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCAAGt > 2:5978880/1‑93 (MQ=255) tttCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCAAGt < 2:2393453/93‑1 (MQ=255) ttacTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCAAGt < 1:3126307/90‑1 (MQ=255) ttCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCAAGTc < 1:3791743/93‑1 (MQ=255) ttCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCAAGTc < 2:1891548/93‑1 (MQ=255) ttCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCAAGTc < 1:4600092/93‑1 (MQ=255) tCTATCCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTACTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCAAGTCg > 1:7370677/1‑93 (MQ=255) cTAACCGAATGCCCAGCCCGGCGATATTGGTCCTGAGTACCGTTTCGCCGTTAATCGTTGAGGTATTGCCCTTAAGTTGCATCCGCAAGTCGt > 2:4115254/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |