| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,612,076 | T→C | A41A (GCT→GCC) | focB → | putative formate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,612,076 | 0 | T | C | 99.5% | 658.6 / ‑4.8 | 210 | A41A (GCT→GCC) | focB | putative formate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (88/121); total (89/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GAGCGCCAGAAAAGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCTGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGC > NC_000913/2611986‑2612163 | aGCGCCAGAAAAGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGc < 1:2472578/93‑1 (MQ=255) gcgcCAGAAAAGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCg > 1:6145076/1‑93 (MQ=255) ccAGAAAAGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCgtgt > 1:938205/1‑93 (MQ=255) ccAGAAAAGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCgtgt > 2:642132/1‑93 (MQ=255) aGAAAAGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGttt > 1:3522976/1‑93 (MQ=255) gAAAAGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTa < 1:7015687/93‑1 (MQ=255) aaaaaGCGGCAATCGCTGAACGGATTTCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTa < 2:5773043/92‑1 (MQ=255) aaaaGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTAt < 2:5376686/93‑1 (MQ=255) aaaGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATg < 2:3174273/93‑1 (MQ=255) aaaGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATg < 2:3577077/93‑1 (MQ=255) aaaGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATg < 1:7488695/93‑1 (MQ=255) aaaGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCACATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATg < 2:3474939/93‑1 (MQ=255) aGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGc < 2:296513/93‑1 (MQ=255) gCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATc > 1:1010730/1‑93 (MQ=255) gCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATc < 1:2383591/93‑1 (MQ=255) gCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATc < 1:7370098/93‑1 (MQ=255) cAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCg < 1:4118591/93‑1 (MQ=255) aaTCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCgg > 2:3128900/1‑93 (MQ=255) aaTCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCgg > 1:4370997/1‑93 (MQ=255) aTCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGa < 2:4748969/93‑1 (MQ=255) cGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGAtt > 1:1726266/1‑93 (MQ=255) cTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGGTTTa > 2:396629/1‑93 (MQ=255) tGAACGTATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTAc < 2:2079972/93‑1 (MQ=255) tGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTAc < 1:1666051/93‑1 (MQ=255) gAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACt > 1:2324505/1‑93 (MQ=255) aaCGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCTGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACtt > 1:5978427/1‑93 (MQ=255) aCGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGGTCGGATTTACtgt > 1:801006/1‑91 (MQ=255) aCGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACttt > 2:843216/1‑93 (MQ=255) aCGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACttt < 1:6323499/93‑1 (MQ=255) cGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACtttt < 2:6024772/93‑1 (MQ=255) cGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACtttt < 2:1472885/93‑1 (MQ=255) ggATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACttttt < 1:7739793/93‑1 (MQ=255) cgATTGCCCCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACttttt < 1:6116085/92‑1 (MQ=255) ttGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTAcc < 2:4982492/93‑1 (MQ=255) ttGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTAcc < 2:1804639/93‑1 (MQ=255) tGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCt < 1:6851386/93‑1 (MQ=255) ccgccCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCttt < 2:4309082/93‑1 (MQ=255) cgccCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCTATCGGATTTACTTTTTACCTTTc < 1:900764/93‑1 (MQ=255) cgccCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTc < 2:220703/93‑1 (MQ=255) cccATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCg > 2:2924953/1‑93 (MQ=255) ccATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTAACTTTCCGt > 2:4066299/1‑93 (MQ=255) aTAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTa > 1:7548092/1‑93 (MQ=255) aaaaTTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATc < 2:7160263/93‑1 (MQ=255) aaaaTTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATc < 1:6966296/93‑1 (MQ=255) aaaTTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCg < 2:7584866/93‑1 (MQ=255) aTTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGcc > 2:5693190/1‑93 (MQ=255) 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gATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCtggt > 1:6240316/1‑93 (MQ=255) gATGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCtggt > 1:2823227/1‑93 (MQ=255) aTGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCtggtg < 2:6818178/93‑1 (MQ=255) aTGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCtggtg < 2:4537101/93‑1 (MQ=255) aTGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCtggtg < 2:417742/93‑1 (MQ=255) tGTCCGCCGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCtggtgg > 1:272613/1‑93 (MQ=255) | GAGCGCCAGAAAAGCGGCAATCGCTGAACGGATTGCCGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCTGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGC > NC_000913/2611986‑2612163 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |