| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,804,653 | T→C | V208A (GTG→GCG) | proW → | high‑affinity transport system for glycine betaine and proline |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,804,653 | 0 | T | C | 99.6% | 860.5 / NA | 275 | V208A (GTG→GCG) | proW | high‑affinity transport system for glycine betaine and proline |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (152/122); total (153/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
AAATTATTCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGTGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCT > NC_000913/2804563‑2804740 | attattCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCg < 2:1213567/93‑1 (MQ=255) attattCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCg > 2:7452576/1‑93 (MQ=255) ttattCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCgg > 2:3376234/1‑93 (MQ=255) tattCGTCCACTGCTTGATGCGATGCAGGCAACAGCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATAGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCggg > 2:5047379/1‑93 (MQ=255) attCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGc < 1:1037988/93‑1 (MQ=255) ttCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGcc > 2:7716706/1‑92 (MQ=255) 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tttgtttATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGCGTGGTGGGGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATc > 1:4069593/1‑93 (MQ=255) tATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTg < 1:5813668/93‑1 (MQ=255) tCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGAc > 1:7150077/1‑93 (MQ=255) cTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGAcc < 2:3579582/93‑1 (MQ=255) tGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCa > 1:998615/1‑93 (MQ=255) tGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCa < 2:2665374/93‑1 (MQ=255) ggTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCAt < 2:5090549/93‑1 (MQ=255) ggTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCAt < 2:6795253/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |