| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,986,892 | C→T | H123H (CAC→CAT) | yqeI → | putative sensory transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,986,892 | 0 | C | T | 99.6% | 991.8 / ‑6.0 | 282 | H123H (CAC→CAT) | yqeI | putative sensory transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (185/95); total (187/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
TGCAACCGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACACAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGAATTTCAATAACAAAATCCTCAAACATAT > NC_000913/2986802‑2986981 | aCCGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGcc > 1:1858876/1‑93 (MQ=255) ccGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGccc > 2:5872048/1‑93 (MQ=255) cGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGcccc < 1:1216125/93‑1 (MQ=255) gCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCAcc < 2:1793384/93‑1 (MQ=255) gagaAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGc > 1:5467036/1‑93 (MQ=255) gagaAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGc < 1:208153/93‑1 (MQ=255) gagaAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGc < 1:2749444/93‑1 (MQ=255) agaagaGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGcc < 2:3481391/93‑1 (MQ=255) agaagaGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGcc > 2:6503233/1‑93 (MQ=255) agaagaGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGcc > 2:7469913/1‑93 (MQ=255) gaagaGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCa > 2:231936/1‑93 (MQ=255) gaagaGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCa < 2:639917/93‑1 (MQ=255) aagaGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCAt > 1:517001/1‑93 (MQ=255) agagGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATa < 1:7066793/93‑1 (MQ=255) agagGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATa < 1:3210129/93‑1 (MQ=255) gagGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATaa > 2:2716134/1‑93 (MQ=255) agGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATaaa > 1:3550222/1‑93 (MQ=255) agGATTCAAGATCAATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAACCTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATaaa < 2:668794/93‑1 (MQ=255) ggATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCCCCTGCCATaaaa < 1:3030468/93‑1 (MQ=255) gATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAg < 2:4534705/93‑1 (MQ=255) ttCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGtt > 2:6199569/1‑93 (MQ=255) ttCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGtt > 1:2176715/1‑93 (MQ=255) cAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTaa > 1:7649/1‑93 (MQ=255) cAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTaa > 1:3432891/1‑93 (MQ=255) aaGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAAt > 1:379644/1‑93 (MQ=255) aGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACATACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATg > 1:4763429/1‑93 (MQ=255) gATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGc > 2:7072124/1‑93 (MQ=255) tCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCgg > 1:4126705/1‑93 (MQ=255) aTAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGAt > 1:6529653/1‑93 (MQ=255) aTAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGAt > 1:1023287/1‑93 (MQ=255) aTAATGACATAAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCCCCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGAt < 2:3438954/93‑1 (MQ=255) aaTGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATAc < 2:1608788/93‑1 (MQ=255) aaTGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATAc > 2:5430238/1‑93 (MQ=255) aaTGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATCCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATAc < 2:3265662/93‑1 (MQ=255) tGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACaa > 2:4188193/1‑93 (MQ=255) tGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACaa > 2:4958299/1‑93 (MQ=255) tGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACaa > 1:1766613/1‑93 (MQ=255) gACATAAACATACAAAATCATGAAATAAACTCGGAAACAGACGCAAATACACAAAAGGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACaaa < 2:3627394/93‑1 (MQ=255) cATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAaga > 2:7115682/1‑93 (MQ=255) cATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAaga > 2:2574924/1‑93 (MQ=255) cATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAaga > 2:7353085/1‑93 (MQ=255) aTTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAagag > 1:3618779/1‑93 (MQ=255) aTTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAagag > 1:7222902/1‑93 (MQ=255) tAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAagagag > 1:7384684/1‑93 (MQ=255) tAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAagagag > 2:5259248/1‑93 (MQ=255) tAACATAAAAACACATGTAATAACCTGGTCAACAGACGCACACACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAagagag < 2:6832971/93‑1 (MQ=255) aTACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCCCCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCAtt < 2:2994459/93‑1 (MQ=255) aTACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCAtt > 1:7578095/1‑93 (MQ=255) aaCAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCCCATACACATAATGCCCCCCCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATtg < 1:2648127/92‑1 (MQ=255) aCAAAATCATGTAATAACCTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCCCCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATtgg < 2:430326/93‑1 (MQ=255) aCAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATtgg > 1:6064422/1‑93 (MQ=255) aCAAAATCATGAAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCCCCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATtgg < 2:4453880/93‑1 (MQ=255) cAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATtggt > 2:2424698/1‑93 (MQ=255) aaaaaTCATGTAATAACCTCGTCAACAGCCGCACATCCACATAATGCCCCCCCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATtggt < 1:2535441/92‑1 (MQ=255) aaaaTCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATCCCCCCCCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATtggtg < 2:5592161/93‑1 (MQ=255) cATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCa > 1:5843991/1‑93 (MQ=255) aTGTAATAACCTCGTCAACAGCCGCACATACACAAAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCaa < 1:979129/93‑1 (MQ=255) aTGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCaa > 2:482577/1‑93 (MQ=255) aTGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCaa > 1:7872000/1‑93 (MQ=255) tGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCCCCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCaaa < 2:4901242/93‑1 (MQ=255) tGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCaaa < 1:3965781/93‑1 (MQ=255) taataaACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGa > 1:3331496/1‑93 (MQ=255) aataaACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGaa < 1:1150413/93‑1 (MQ=255) aataaACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGaa > 1:2341300/1‑93 (MQ=255) aaaaaCTCGTCAACAGCCGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGAAt < 2:5450539/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGAATTTc > 2:6938972/1‑93 (MQ=255) aaCTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGAATTTc > 1:1444508/1‑93 (MQ=255) aaCTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCCGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGAATATc > 2:7553405/1‑93 (MQ=255) ccGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCCCCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGAATTTCAAt < 1:1010251/92‑1 (MQ=255) ccGTCAACAGACGCACAAACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGAATTTCAAt < 2:2805901/92‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |