Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,162,333 | A→G | Y553H (TAT→CAT) | parC ← | DNA topoisomerase IV subunit A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,162,333 | 0 | A | G | 99.6% | 804.1 / NA | 253 | Y553H (TAT→CAT) | parC | DNA topoisomerase IV subunit A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (77/175); minor base C (0/1); total (77/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
CAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAATTCA > NC_000913/3162243‑3162422 | aCGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCAAGGCTa > 1:182691/1‑93 (MQ=255) cGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTAc < 2:4168552/93‑1 (MQ=255) cGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGAGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTAc < 1:7644651/93‑1 (MQ=255) gTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGa > 2:2997874/1‑93 (MQ=255) gTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACCGCCGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGa > 1:4242104/1‑93 (MQ=255) tCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGAc < 2:4004349/93‑1 (MQ=255) gcGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGAc < 1:5029021/92‑1 (MQ=255) cGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGAcc < 2:6434856/93‑1 (MQ=255) gCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCATGGGTACGGCCg > 2:3482421/1‑93 (MQ=255) ccccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCgg < 1:6724944/93‑1 (MQ=255) ccccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCgg < 1:2014314/93‑1 (MQ=255) ccccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCATGGCTAAGACCgg > 1:1038965/1‑93 (MQ=255) cccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGt < 1:4450014/93‑1 (MQ=255) cccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGt < 1:7735252/93‑1 (MQ=255) ccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTg < 2:1164190/93‑1 (MQ=255) aGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGa < 1:6161098/93‑1 (MQ=255) aGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGa < 1:5756862/93‑1 (MQ=255) aGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCATGGCTACGACCGGGGGa > 1:1107040/1‑93 (MQ=255) ggcggcAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGggggga > 2:6509784/1‑91 (MQ=255) ggcggcAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGaa < 2:1812447/93‑1 (MQ=255) gcggcAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCCTGGCTACGACCGGTGGAAt > 1:6843380/1‑93 (MQ=255) cggcAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATc < 1:6457417/93‑1 (MQ=255) cggcAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTCACCACGCGCCGACGGCATCGTCATCCGGTAAATTGCATAATTATGACCGGGGGAATc > 2:6795606/1‑93 (MQ=255) gcAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATcaa > 2:7222354/1‑93 (MQ=255) aaCGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCATGGCTCCCACCGGGGGAATcaaca > 2:1582759/1‑93 (MQ=255) aaCGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCATGGCTACGACCGGGGGGATgaaca > 1:3430738/1‑93 (MQ=255) aCGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCCCGCGCCGACGGCAGCGGAATCGGGGCAATGGCATGGCTACGACCGGGGGAATcaacaa > 2:7488417/1‑93 (MQ=255) aCGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATcaacaa < 1:7456071/93‑1 (MQ=255) aCGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATcaacaa > 1:1372299/1‑93 (MQ=255) gTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCaacaaac < 2:7578058/93‑1 (MQ=255) gTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCaacaaac < 2:1346592/93‑1 (MQ=255) gTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGGGGGATCaacaaac > 2:2881883/1‑93 (MQ=255) gTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGGGGGATCaacaaaa > 1:3142382/1‑92 (MQ=255) ttAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCaacaaaca < 2:6748291/93‑1 (MQ=255) ttAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCaacaaaca < 2:1448756/93‑1 (MQ=255) aTTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGCCGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGGGGAATCAACAAacacca > 1:7305055/1‑91 (MQ=255) aTTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTa < 2:1678902/93‑1 (MQ=255) tttGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTAc < 1:4809901/93‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTAcc < 1:1953671/93‑1 (MQ=255) ccGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCCGTGGAATCAACAAAAACCACCggt > 1:7117720/1‑93 (MQ=255) cGGTGAGCGGCTCGCCCCGACCACGCGCCGACGGCAGCGGAATCGGGGCAATGGCATGGCTACGACCGGGGGGATCAAAAAAAACCACCgggt > 2:7023017/1‑91 (MQ=255) ggTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCggttg < 2:1906645/93‑1 (MQ=255) ggTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCggttg < 1:4095568/93‑1 (MQ=255) tGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCggttggt > 1:5501878/1‑93 (MQ=255) tGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCggttggt < 2:7694138/93‑1 (MQ=255) tGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGGATCAAAAAACACTACCgggtggt > 2:3169580/1‑93 (MQ=255) gAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCggttggtt < 1:6487240/93‑1 (MQ=255) gCGGCTCGCCCCGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAAAGGGATGGCTACGACCCGTGGGATCAACAAACACCACCCGGTGGGTGc > 2:42847/1‑93 (MQ=255) gCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGctct > 2:2472584/1‑93 (MQ=255) tCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTa > 1:5293501/1‑93 (MQ=255) tCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTa < 2:6137810/93‑1 (MQ=255) cccTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGCATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCt > 2:6848246/1‑93 (MQ=255) ccTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCtt < 1:2064242/93‑1 (MQ=255) ccTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCtt < 1:7005174/93‑1 (MQ=255) cTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCttt > 1:5370019/1‑93 (MQ=255) cTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCttt > 2:2765769/1‑93 (MQ=255) cTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCttt > 2:5286329/1‑93 (MQ=255) tGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTc > 2:2421594/1‑93 (MQ=255) tGACCACGCGCCGACGGCAGCGGAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGCATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGGTCTTCCCttta > 2:6691169/1‑92 (MQ=255) aCCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAc < 1:1609312/93‑1 (MQ=255) aCCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAc > 2:5768267/1‑93 (MQ=255) aCCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAc < 1:302462/93‑1 (MQ=255) aCGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAccgc < 1:326403/93‑1 (MQ=255) aCGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAccgc < 1:3897559/93‑1 (MQ=255) cgcgCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTCCCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAccgcc < 1:4981186/93‑1 (MQ=255) cgcgCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAccgcc < 2:4680489/93‑1 (MQ=255) gcgcCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAccgccg < 2:2655689/93‑1 (MQ=255) ccGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCtt < 1:3611675/93‑1 (MQ=255) cGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCttt < 2:5443432/93‑1 (MQ=255) gACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAAGAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTg > 2:783266/1‑93 (MQ=255) aCGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGa < 2:5949456/93‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCGCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGa > 2:4362278/1‑93 (MQ=255) ggCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAg > 2:3601579/1‑93 (MQ=255) ggCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAg > 2:7308340/1‑93 (MQ=255) aGCGTAGTCGGTTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTa < 2:5111964/93‑1 (MQ=255) aGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTa > 2:5611013/1‑93 (MQ=255) cGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATc < 1:2787681/93‑1 (MQ=255) gTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCa < 2:3880947/93‑1 (MQ=255) tAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCAc < 1:4719718/93‑1 (MQ=255) tAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCAc < 2:7729328/93‑1 (MQ=255) aaTCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCAcc > 2:2266981/1‑93 (MQ=255) tCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCg > 1:1529992/1‑93 (MQ=255) gggTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCt > 2:3833182/1‑93 (MQ=255) gggTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCt > 1:7260140/1‑93 (MQ=255) tCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTta > 1:5602400/1‑93 (MQ=255) gcAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTta < 2:2092463/92‑1 (MQ=255) atggcatggcTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATaa > 2:4919397/1‑93 (MQ=255) atggcatggcTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATaa < 2:3371743/93‑1 (MQ=255) tGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAAt < 1:2365180/93‑1 (MQ=255) tGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAAt < 1:2672056/93‑1 (MQ=255) tGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAAt > 2:3257434/1‑93 (MQ=255) ggCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAAtt < 1:3110419/93‑1 (MQ=255) ggCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAAtt < 2:1088774/93‑1 (MQ=255) ggCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAAtt < 1:903031/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |