| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,198,625 | A→G | intergenic (‑19/‑223) | ygiF ← / → ygiM | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,198,625 | 0 | A | G | 99.7% | 1230.9 / NA | 385 | intergenic (‑19/‑223) | ygiF/ygiM | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (195/189); minor base T (1/0); total (196/189) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 399 total aligned reads displayed.
ATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAAT > NC_000913/3198535‑3198716 | gagaTGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTca > 1:6545041/1‑93 (MQ=255) gaTGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTcaca > 2:6573061/1‑93 (MQ=255) gTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAg < 2:219527/93‑1 (MQ=255) gTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAg < 1:3884732/93‑1 (MQ=255) tCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAGt > 1:7881449/1‑93 (MQ=255) cACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAGTg > 1:3625899/1‑93 (MQ=255) 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cTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTaa < 1:3947567/93‑1 (MQ=255) cTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAGTGACCATGAACGGCGAACTTaa > 2:352998/1‑93 (MQ=255) tgtgATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAAt > 1:5067335/1‑93 (MQ=255) tgtgATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAAt > 1:17224/1‑93 (MQ=255) tgtgATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAAt > 1:2981998/1‑93 (MQ=255) tgATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGc > 1:2089563/1‑93 (MQ=255) gATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCg > 2:7433059/1‑93 (MQ=255) aTTAACAATAAACTTTAATTCTATTTCCTGAGCCATGCCCTTTACTTATCGGTTGTGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGa < 2:778570/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |