| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,951,170 | Δ1 bp | coding (39/1818 nt) | ilvD → | dihydroxyacid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,951,168 | 0 | C | . | 99.1% | 508.6 / ‑3.3 | 114 | coding (37/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (12/101); total (12/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGTGG‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCC > NC_000913/3951080‑3951252 | gacactgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcGc‑c < 2:168094‑M2/3‑1 (MQ=255) cactgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcgc‑cac < 2:2359060‑M2/5‑3 (MQ=255) ctgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcggcgtggggcgc‑cgccg > 1:4101370‑M2/87‑89 (MQ=255) ggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGaa < 1:2016868‑M2/10‑1 (MQ=255) ggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgttgggtgtggcgcGC‑C‑‑CCCCGGa > 2:818375‑M2/84‑93 (MQ=255) gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgggccgtggggcG‑‑G‑‑CACCGGAAt > 1:577319‑M2/83‑93 (MQ=255) gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAAt < 2:2733213‑M2/11‑1 (MQ=255) gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAAt < 1:1710014‑M2/11‑1 (MQ=255) gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAAt < 1:270892‑M2/11‑1 (MQ=255) gtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgttatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGa < 1:2514428‑M2/13‑1 (MQ=255) gtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGa < 1:1461103‑M2/13‑1 (MQ=255) gtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGa < 2:2532184‑M2/13‑1 (MQ=255) gtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcgctgtggggcGC‑C‑‑acccgggcga > 2:3198068‑M2/81‑89 (MQ=255) aaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGAcc < 1:2580357‑M2/15‑1 (MQ=255) ataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:3774570‑M2/17‑1 (MQ=255) ataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:4441387‑M2/17‑1 (MQ=255) ataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:2552032‑M2/17‑1 (MQ=255) taaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGAc < 2:150120‑M2/18‑1 (MQ=255) taaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcggggggtcgtgggctgtggggcGG‑C‑‑CCCCGAACGGACCGa > 2:521145‑M2/76‑93 (MQ=255) aaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACg < 1:426568‑M2/19‑1 (MQ=255) aagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGc < 1:2597083‑M2/20‑1 (MQ=255) tatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGa < 2:1844005‑M2/23‑1 (MQ=255) tatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcgctgtgggggGC‑C‑‑CCCCGCAA‑GAACGACGCCGa > 1:4650084‑M2/71‑93 (MQ=255) atgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAt < 1:850979‑M2/24‑1 (MQ=255) atgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAt < 1:2956675‑M2/24‑1 (MQ=255) tgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:3456526‑M2/25‑1 (MQ=255) gcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAttt < 1:4442782‑M2/26‑1 (MQ=255) cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 1:2078426‑M2/27‑1 (MQ=255) cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 2:3832188‑M2/27‑1 (MQ=255) cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 2:2311479‑M2/27‑1 (MQ=255) cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 1:568542‑M2/27‑1 (MQ=255) taagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgggctgtggggcGC‑C‑‑CCCCGGAA‑GACCGGCGCcgcttttcg > 2:3879453‑M2/65‑90 (MQ=255) aagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 1:653542‑M2/30‑1 (MQ=255) agtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 1:2376422‑M2/31‑1 (MQ=255) aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGCCCTGCGC‑‑TGTGG‑GG‑CGGCACCCGGATGACCGACGGCGACTTCggga > 2:3732635/1‑91 (MQ=255) gtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 1:1285815‑M2/32‑1 (MQ=255) gtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 1:3603841‑M2/32‑1 (MQ=255) gtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 2:3576927‑M2/32‑1 (MQ=255) gtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 2:2820909‑M2/32‑1 (MQ=255) gtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcgctgtggggcGC‑C‑‑C‑CCGGAATGACCCACCCCCATTTTggtta > 1:1810284‑M2/62‑91 (MQ=255) gtaccattccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 2:713075‑M2/32‑1 (MQ=255) taccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 1:24522‑M2/33‑1 (MQ=255) taccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 1:2253934‑M2/33‑1 (MQ=255) tccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:4324567‑M2/34‑1 (MQ=255) accgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 1:4454120‑M2/34‑1 (MQ=255) accgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 1:914741‑M2/34‑1 (MQ=255) aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑CGTGGCGCGC‑‑CCCCCGGATGACCCACGCCGGTTTCGGTGAgg > 2:4016092/1‑92 (MQ=255) ccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGcc < 1:3007236‑M2/35‑1 (MQ=255) cGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGG‑‑TGTGGCGCGC‑‑CCCCCGGATGAACCACCCCGCTTTCGGTAAACCg > 2:1766926/1‑93 (MQ=255) gttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 1:1617350‑M2/37‑1 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TGTGGCGCGC‑‑CACCGGAAAGAAACACGCCGATTTTGGTAAACCGa > 1:3429529/1‑93 (MQ=255) 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1:3303307‑M2/11‑93 (MQ=255) ctgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCTTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 1:1656004‑M2/84‑1 (MQ=255) tgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGCACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTcc > 1:1091047‑M2/9‑93 (MQ=255) tgtggcgcG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTcc < 2:368193‑M2/85‑1 (MQ=255) | GACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGTGG‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCC > NC_000913/3951080‑3951252 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |