Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,980,552 | (A)6→5 | intergenic (‑141/+26) | otsB ← / ← araH | trehalose‑6‑phosphate phophatase/ABC‑type arabinose transport system permease component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,980,547 | 0 | A | . | 98.3% | 513.7 / 0.6 | 116 | intergenic (‑136/+31) | otsB/araH | trehalose‑6‑phosphate phophatase/ABC‑type arabinose transport system permease component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base . (45/69); total (46/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAG > NC_000913/1980455‑1980634 | cgcTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGa < 1:1358246/93‑1 (MQ=255) ttACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaa < 1:363516/93‑1 (MQ=255) ttACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaa < 1:2613894/93‑1 (MQ=255) ttACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaa > 1:1493534/1‑93 (MQ=255) tACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaac < 1:2299268/93‑2 (MQ=255) tACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTGGGCTATGGTGGGaaaaac < 1:1887162/93‑2 (MQ=255) aCAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaacg < 1:749802/93‑3 (MQ=255) aCAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGGTGGGTATGGTGGGaaaaaag > 1:3961729/1‑92 (MQ=255) cAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaacgc < 1:1047159/93‑4 (MQ=255) aGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaacgct > 1:1374094/1‑89 (MQ=255) gACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTa < 2:594901/93‑1 (MQ=255) cATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTaaa > 1:693312/1‑93 (MQ=255) ttGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAt < 1:3219864/92‑1 (MQ=255) aTGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAt < 1:3728002/93‑1 (MQ=255) aTGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAt > 2:1474323/1‑93 (MQ=255) tGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAtt > 2:3025415/1‑93 (MQ=255) tGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAtt > 2:2262910/1‑93 (MQ=255) gTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGGTGGCTATTGGGGGGAAAACGGCTAAAtg > 2:1795337/1‑92 (MQ=255) aaGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAttgtt < 2:2065809/93‑1 (MQ=255) aaGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAttgtt < 2:592149/93‑1 (MQ=255) aGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAttgttg < 1:3201429/93‑1 (MQ=255) gTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGc < 2:233135/93‑1 (MQ=255) 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gggTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACa < 1:1860865/93‑1 (MQ=255) ggTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAACATCAGACAg > 2:1578305/1‑93 (MQ=255) gTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCTAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGt < 2:3354077/93‑1 (MQ=255) cGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGc > 2:3623617/1‑93 (MQ=255) gCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCg > 1:1416967/1‑93 (MQ=255) ccATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGt > 1:2267053/1‑93 (MQ=255) cATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGtt < 1:4475864/93‑1 (MQ=255) cATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGtt < 1:1834709/93‑1 (MQ=255) cATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGtt > 2:612522/1‑93 (MQ=255) aTTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑GAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAACAACAGACAGTGCGttt > 2:3245330/1‑93 (MQ=255) aTTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGttt > 2:475529/1‑93 (MQ=255) aTTTGCAACGAAGAACAGCCAACAGTTATGGCGGGTGGCTATGGTGGG‑GAAAACGCCAAACTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGAAAAGGCGttt > 2:1045678/1‑93 (MQ=255) tttGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTc < 2:349344/93‑1 (MQ=255) tttGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTc > 2:429329/1‑93 (MQ=255) gCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCt > 1:1862284/1‑93 (MQ=255) cAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCtt < 2:3098659/93‑1 (MQ=255) aaCGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAA‑GCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCttt > 1:3930251/1‑93 (MQ=255) aaCGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCttt < 2:3007977/93‑1 (MQ=255) aCGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCtttt > 2:201325/1‑93 (MQ=255) aCGAAGAACAGCCAACCGGTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCttt < 1:4105866/93‑1 (MQ=255) cGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCttttt < 2:456682/93‑1 (MQ=255) cGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCttttt < 1:2865891/93‑1 (MQ=255) cGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCttttt > 2:2753146/1‑93 (MQ=255) cGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCttttt < 1:3631147/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |