| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,152,247 | +C | intergenic (+10/+29) | yghB → / ← yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,152,244 | 1 | . | C | 99.4% | 529.5 / ‑3.8 | 166 | intergenic (+7/+32) | yghB/yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (106/59); total (107/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
TGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTT‑CCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAA > NC_000913/3152152‑3152332 | tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAt‑ttt > 1:3843937/1‑93 (MQ=255)tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAt‑ttt > 1:3940926/1‑93 (MQ=255) gatgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGGTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAGGAT‑Ttt‑c > 2:2819139/1‑93 (MQ=255) tgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccc < 1:3620705/93‑1 (MQ=255) tgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccc > 2:4365894/1‑93 (MQ=255) tgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccc > 1:4357498/1‑93 (MQ=255) gatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑cccc > 1:4402806/1‑92 (MQ=255) gatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑cccc < 2:4444581/93‑2 (MQ=255) atCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccccg < 2:3935952/93‑3 (MQ=255) tCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccccgt > 2:3023515/1‑90 (MQ=255) tGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTtcccc‑‑gttcc > 2:3694614/1‑93 (MQ=255) tGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTtcccc‑‑gttcc < 1:887328/93‑1 (MQ=255) aaTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGt < 2:2235226/93‑1 (MQ=255) aTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGtt > 1:283793/1‑93 (MQ=255) aTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGtt < 2:1577110/93‑1 (MQ=255) tGCGTTGTTAACCGCTGTCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGc < 2:468534/93‑1 (MQ=255) tGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATAAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGc < 2:149318/93‑1 (MQ=255) gCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCt > 2:2801959/1‑93 (MQ=255) ccTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTg > 1:4152542/1‑93 (MQ=255) ttAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCg < 2:1306412/93‑1 (MQ=255) tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCgg > 1:4580227/1‑93 (MQ=255) aCCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGa > 1:1017940/1‑93 (MQ=255) 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ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAt > 2:2888937/1‑93 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTACTGTACCGGGAACGTAt > 1:4125847/1‑93 (MQ=255) gCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAtt < 1:2209332/93‑1 (MQ=255) gCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAtt < 1:670339/93‑1 (MQ=255) gCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCCGTACCGGGAACGTAtt > 2:4393187/1‑93 (MQ=255) cTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAttt > 1:199170/1‑93 (MQ=255) tGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTaa > 2:1200448/1‑93 (MQ=255) ttAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAAtt > 2:4554060/1‑93 (MQ=255) ggCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTccc > 2:3665556/1‑93 (MQ=255) ggCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTccc > 1:1527744/1‑93 (MQ=255) gCACGCTGTTTGTTGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTcccc < 2:4599028/93‑1 (MQ=255) gCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCa > 2:298069/1‑93 (MQ=255) gtGTTTGTGGTTATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCAt < 1:180076/92‑1 (MQ=255) cTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCAt < 2:337384/93‑1 (MQ=255) tGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATc > 2:2211370/1‑93 (MQ=255) tGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATc < 1:2620361/93‑1 (MQ=255) 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gatt‑ttc‑CCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGGATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCg > 2:2835143/4‑93 (MQ=255) cGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACAcc < 1:1798213/93‑1 (MQ=255) cGAT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACAcc < 2:3214701/93‑1 (MQ=255) att‑ttc‑CCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGa < 2:603828/91‑1 (MQ=255) att‑ttc‑CCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGa < 1:1267806/91‑1 (MQ=255) aT‑TTTCCCC‑‑GTTCCCCGTTGCTGTACCGGGGACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCCTTCTTGCCGCATCTTCCCCCCGCGTCCCACCGa > 2:4142358/1‑93 (MQ=255) | TGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTT‑CCC‑‑GTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAA > NC_000913/3152152‑3152332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |