| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,913,076 | (G)6→7 | intergenic (‑248/+105) | glmU ← / ← atpC | N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, epsilon‑subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,913,070 | 1 | . | G | 93.8% | 720.8 / 40.0 | 240 | intergenic (‑242/+111) | glmU/atpC | N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, epsilon‑subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/7); new base G (131/94); total (139/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCT > NC_000913/3912978‑3913159 | cTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACa > 2:1562243/1‑93 (MQ=255) ttttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑g < 1:555254/93‑1 (MQ=255) tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTATCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑gg < 2:3069575/93‑1 (MQ=255) tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑gg > 2:4315773/1‑93 (MQ=255) gTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑gggg‑g < 2:3816399/93‑1 (MQ=255) gTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑gggg‑g < 1:2018695/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |