| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,013,772 | +C | intergenic (‑53/‑246) | ysgA ← / → udp | hypothetical protein/uridine phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,013,770 | 1 | . | C | 99.0% | 635.0 / ‑1.3 | 201 | intergenic (‑51/‑248) | ysgA/udp | hypothetical protein/uridine phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (106/93); total (106/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GCGTCGTCCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGC‑ATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑CC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTG > NC_000913/4013679‑4013857 | gcgTCGTCCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑a < 1:4184691/93‑1 (MQ=255)gcgTCGTCAGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑a < 2:2817111/93‑1 (MQ=255) tcgtcCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑ccc > 2:885723/1‑92 (MQ=255) tcgtcCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑ccc > 2:2690458/1‑92 (MQ=255) gtcCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑ccctt < 2:3140719/93‑4 (MQ=255) tcCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑ccctta < 2:23363/93‑5 (MQ=255) cGGGGTGTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGGCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑Ttata < 2:3809031/93‑1 (MQ=255) cGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑Ttata > 2:3280926/1‑93 (MQ=255) ggggTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaa > 1:2226153/1‑93 (MQ=255) ggggTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaa < 1:3390095/93‑1 (MQ=255) gggTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaa < 1:745459/93‑1 (MQ=255) gggTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaa < 2:3506006/93‑1 (MQ=255) ggTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaaa > 1:331940/1‑93 (MQ=255) gTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaaaa < 1:1416973/93‑1 (MQ=255) gTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaaaa > 2:1210606/1‑93 (MQ=255) tCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAAt < 1:3509696/93‑1 (MQ=255) tCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAAt > 2:384987/1‑93 (MQ=255) tGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGt > 1:3742911/1‑93 (MQ=255) tGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGt < 1:4507078/93‑1 (MQ=255) gAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGtt < 1:2755833/93‑1 (MQ=255) aaCGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTg > 1:2063897/1‑93 (MQ=255) aaCGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTg < 2:338315/93‑1 (MQ=255) aCGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTgc < 2:620666/93‑1 (MQ=255) gATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTgcgc < 1:3809267/93‑1 (MQ=255) gATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTgcgc < 2:1519857/93‑1 (MQ=255) tGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCaa > 2:4512041/1‑93 (MQ=255) gTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATg > 1:1731977/1‑93 (MQ=255) cGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTGC‑CC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGtt < 2:3668164/93‑1 (MQ=255) gAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTa > 1:2992661/1‑93 (MQ=255) gAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTa < 1:1247831/93‑1 (MQ=255) gCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACt < 1:125319/93‑1 (MQ=255) cGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACta < 1:595155/93‑1 (MQ=255) gagaGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACtat < 2:4120111/93‑1 (MQ=255) gagaGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACtat < 1:3960258/93‑1 (MQ=255) agagGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACtata > 2:2329726/1‑93 (MQ=255) agagGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACtata > 1:4653232/1‑93 (MQ=255) ggcgaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTc > 2:1131203/5‑93 (MQ=255) ggcgaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTc > 1:725109/5‑93 (MQ=255) ggcgaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTc < 1:2126811/89‑1 (MQ=255) ggcgaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTc < 1:1661696/89‑1 (MQ=255) gcgaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCa > 1:670928/4‑93 (MQ=255) gaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGc > 2:666947/2‑93 (MQ=255) gaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGc > 1:4459356/2‑93 (MQ=255) aTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCa > 2:2874134/1‑93 (MQ=255) gcagcaGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATg > 1:3899191/1‑93 (MQ=255) cagcagGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGc < 2:1294022/93‑1 (MQ=255) agcagGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGca > 1:3681330/1‑93 (MQ=255) agcagGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGca > 1:4295013/1‑93 (MQ=255) gcagGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGcaa < 2:4646269/93‑1 (MQ=255) gcagGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGcaa < 2:1684476/93‑1 (MQ=255) cagGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATTcaac < 1:1824439/93‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGcaacaa > 1:4364288/1‑93 (MQ=255) gTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACaaa > 2:59851/1‑93 (MQ=255) gTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACaaa < 1:4068547/93‑1 (MQ=255) gTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑CCTTTATAAAAACGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACaaa < 1:187011/93‑1 (MQ=255) tGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAAt < 1:4078354/93‑1 (MQ=255) tGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAAt < 1:2607014/93‑1 (MQ=255) gCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATc < 1:2857916/93‑1 (MQ=255) gCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATc < 1:1421582/93‑1 (MQ=255) gCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTAAACTATAGTCAGCATGCAACAAATc < 2:3736226/93‑1 (MQ=255) cAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATca < 2:2556353/93‑1 (MQ=255) aaaTCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATcac > 2:3433888/1‑93 (MQ=255) 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ttgtgttgtTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATc > 2:4591840/1‑93 (MQ=255) ttgtgttgtTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATc < 1:3169914/93‑1 (MQ=255) tgtgttgtTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCg > 1:4556528/1‑93 (MQ=255) gttgttGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCt > 2:1938279/1‑93 (MQ=255) tgttgCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCa > 1:2157273/1‑93 (MQ=255) gttgCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCAt < 1:4217184/93‑1 (MQ=255) ttgCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATc < 1:176904/93‑1 (MQ=255) gCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCtt > 2:321076/1‑93 (MQ=255) cATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCtttt > 2:4447912/1‑93 (MQ=255) aTGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTa < 1:1551288/93‑1 (MQ=255) tGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCttttct > 2:819926/1‑91 (MQ=255) tGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTAt < 1:104207/93‑1 (MQ=255) tGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTAt < 1:1698839/93‑1 (MQ=255) tGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTAt > 2:4489932/1‑93 (MQ=255) tGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTAt < 2:4431860/93‑1 (MQ=255) ggTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATg > 2:2307982/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |