Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 3,725,739 | 2 | . | C | 60.9% | 120.6 / 91.7 | 64 | coding (1262/1455 nt) | xylB | xylulokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/15); new base C (19/20); total (29/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCC > NC_000913/3725647‑3725821 | cTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑t > 1:3287730/1‑93 (MQ=255) cTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑t < 1:723482/93‑1 (MQ=255) tAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑c > 2:1673349/1‑93 (MQ=255) tAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑c > 2:2932576/1‑93 (MQ=255) tAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑c > 2:3299266/1‑93 (MQ=255) tAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCAGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑c > 1:1327921/1‑93 (MQ=255) aaCGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑cc > 2:2957500/1‑93 (MQ=255) aCGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCCGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccc > 1:2961727/1‑93 (MQ=255) aCGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccc > 2:657433/1‑93 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑cccc > 1:1915957/1‑93 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑cccc > 2:147920/1‑93 (MQ=255) gTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccccc‑‑c > 1:1845408/1‑93 (MQ=255) gTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccccc‑‑c < 2:3068541/93‑1 (MQ=255) gTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccccc‑‑c > 1:1893691/1‑93 (MQ=255) gTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccccc‑‑c > 1:2181050/1‑93 (MQ=255) gTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccccc‑‑cccc < 2:3767173/93‑2 (MQ=255) gTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccccc‑‑cccc > 1:2037365/1‑92 (MQ=255) gTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑C‑‑ccccc‑‑cccc > 2:3363473/1‑92 (MQ=255) ttGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccccc‑‑ccccc > 2:4115099/1‑91 (MQ=255) ttGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑ACC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccccc‑‑ccccc > 1:373255/1‑91 (MQ=255) gCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑ccccc‑‑cccccgt < 1:3779792/93‑5 (MQ=255) aacaaTTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCCTACGGTa > 1:106043/1‑93 (MQ=255) acaaTTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTa > 2:4437149/1‑93 (MQ=255) acaaTTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCCCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTTCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTa < 1:4136195/93‑1 (MQ=255) ttCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGa < 2:3188259/93‑1 (MQ=255) ttCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCCTACGGTAATTGa > 2:380092/1‑93 (MQ=255) ttCAATGAGCGATATCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGa < 1:2678715/93‑1 (MQ=255) aaTGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAgc > 2:2229547/1‑93 (MQ=255) aaTGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAgc < 1:4018573/93‑1 (MQ=255) aaTGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAgct > 1:3132106/1‑93 (MQ=255) tGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGCACGGTAATCGAgctg > 1:1070663/1‑93 (MQ=255) tGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCCCACAGTAATCGAgctg > 2:755066/1‑93 (MQ=255) gAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAgctgc > 1:4649719/1‑93 (MQ=255) gCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGCACTCGAGCTGCTGa > 2:1924927/1‑93 (MQ=255) gATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGGAATCGAGCGGCTGAc > 2:610587/1‑93 (MQ=255) gATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGGACGGGAATCGGGCTGCTGAc > 2:461662/1‑93 (MQ=255) tttCTCTGGATTCGCCGCGATCGGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGc < 2:1254102/93‑1 (MQ=255) tctcTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCt > 2:802756/1‑93 (MQ=255) ctctGGCTTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑ACCC‑‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTg < 1:1847185/93‑1 (MQ=255) tctGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCAAGCTGCCGAGCGCTGa > 2:1508745/1‑93 (MQ=255) tctGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGCAATCGAGccgctgaccgctga > 1:1563163/1‑93 (MQ=255) ctGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGata < 2:208489/93‑1 (MQ=255) tGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGCCCGCTGata > 2:1138526/1‑93 (MQ=255) tGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGata < 2:482219/93‑1 (MQ=255) tGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGata < 2:3721298/93‑1 (MQ=255) tGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGCACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGcta > 1:1291810/1‑93 (MQ=255) ggATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGATCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATc > 1:3395671/1‑93 (MQ=255) ggATTCGCCGCGACCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGatat < 2:23953/93‑1 (MQ=255) gATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATc < 1:3749524/93‑1 (MQ=255) aTTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATcc < 2:1297631/93‑1 (MQ=255) ttCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑T‑‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCcccc > 1:2568395/1‑93 (MQ=255) cgccgcGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGcc < 1:4179814/93‑1 (MQ=255) ccctcgATCTGCCCCAGCCTTGCTGCGCCCAGGGCGGG‑‑CCC‑‑AA‑CAA‑‑C‑‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAg < 2:1823428/89‑1 (MQ=255) cgcgATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGCAAGGGAAAAGAGCTGCGGAGCGCTGATATCCGCCAGc > 1:204169/1‑93 (MQ=255) gcgATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCCGATATCCGCCAGCac > 1:908214/1‑92 (MQ=255) ccgATCTGCCCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑ACCC‑‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCa < 1:2681696/92‑1 (MQ=255) cgATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGC‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATc < 1:1545206/93‑1 (MQ=255) cgATCTGCCCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑ACCC‑‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCAt < 1:2838061/93‑1 (MQ=255) gATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATc < 2:3123817/93‑1 (MQ=255) gATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:198414/93‑1 (MQ=255) gATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:102524/93‑1 (MQ=255) gATCTGCCCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATc < 1:3149896/93‑1 (MQ=255) caTCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATc < 2:3077393/92‑1 (MQ=255) caTCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TC‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:737831/92‑1 (MQ=255) tCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTg < 1:286522/93‑1 (MQ=255) cccgcCAGCCTTCCTGCGCCAAGTGCGGGCCCCC‑‑CA‑C‑C‑‑C‑‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTTAc < 2:2635251/91‑1 (MQ=255) tccccAGCCTTGCTTGCCCCAGGGCCGG‑‑CCC‑‑CACC‑ACCC‑‑CCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGAc < 2:4219366/90‑1 (MQ=255) gcgcCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACg > 1:1580054/1‑93 (MQ=255) cgcCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGG‑‑CCC‑‑CA‑C‑A‑‑TCCCCCCC‑‑CCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGc < 1:1070519/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |