| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,931,751 | T→C | intergenic (‑41/‑506) | fucA ← / → fucP | L‑fuculose‑1‑phosphate aldolase/fucose permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,931,751 | 0 | T | C | 97.3% | 570.0 / 2.8 | 188 | intergenic (‑41/‑506) | fucA/fucP | L‑fuculose‑1‑phosphate aldolase/fucose permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base C (90/93); total (92/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
ATTTCCAGGCAAGTGTCAATAATCTGACGAGCAAGTTTATTTCGTTCCATTAGCTACCTCTCTCTGATTCAAAACAGGGCAATAATGTTGTTCCTTTCACACTATTGAATTAGCCGTTTAATTACCCACCATCTTCTTCCTGATTAACAAGAAAGAAATTCACAAGCTTATATTTTGTG > NC_000913/2931661‑2931839 | tttCCAGGCAAGTGTCAATAATCTGACGAGCAAGTTTATTTCGTTCCATTAGCTACCTCTCTCTGATTCAAAACAGGGCAATAATGTTGCTcc > 1:2134169/1‑93 (MQ=255) tttCCAGGCAAGTGTCAATAATCTGACGAGCAAGTTTATTTCGTTCCATTAGCTACCTCTCTCTGATTCAAAACAGGGCAATAATGTTGCTcc < 2:4522350/93‑1 (MQ=255) tttCCAGGCAAGTGTCAATAATCTGACGAGCAAGTTTATTTCGTTCCATTAGCTACCTCTCTCTGATTCAAAACAGGGCAATAATGTTGCTcc < 2:1588422/93‑1 (MQ=255) ccAGGCAAGTGTCAATAATCTGACGAGCAAGTTTATTTCGTTCCATTAGCTACCTCTCTCTGATTCAAAACAGGGCAATAATGTTGCTCCttt > 2:1816882/1‑93 (MQ=255) cAGGCAAGTGTCAATAATCTGACGAGCAAGTTTATTTCGTTCCATTAGCTACCTCTCTCTGATTCAAAACAGGGCAATAATGTTGCTCCTTTc > 1:633578/1‑93 (MQ=255) aGGCAAGTGTCAATAATCTGACGAGCAAGTTTATTTCGTTCCATTAGCTACCTCTCTCTGATTCAAAACAGGGCAATAATGTTGCTCCTTTca > 1:1067272/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |