| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,986,892 | C→T | H123H (CAC→CAT) | yqeI → | putative sensory transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,986,892 | 0 | C | T | 98.8% | 582.1 / NA | 166 | H123H (CAC→CAT) | yqeI | putative sensory transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (115/49); minor base A (0/2); total (115/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TGCAACCGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACACAATGCCCCACCTGCCATAAAAGTTAATGCGGGATACAAAGAGAGCATTGGTGGCGCAAAGAATTTCAATAACAAAATCCTCAAACATAT > NC_000913/2986802‑2986981 | tGCAACCGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATaa < 2:2492058/93‑1 (MQ=255)tGCAACCGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATaa < 1:3723457/93‑1 (MQ=255) gCAACCGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAAt < 2:876548/93‑1 (MQ=255) gCAACCGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAAt < 2:403975/93‑1 (MQ=255) gCAACCGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAAt < 2:2513932/93‑1 (MQ=255) gCAACCGTGCCGAGAAGAGGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAAt > 1:1916474/1‑93 (MQ=255) 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agagGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATa > 2:4456563/1‑93 (MQ=255) agagGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATa > 1:761588/1‑93 (MQ=255) agagGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATa > 1:3336172/1‑93 (MQ=255) gagGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATaa > 2:634748/1‑93 (MQ=255) agGATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATaaa > 1:1362156/1‑93 (MQ=255) ggATTCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATaaaa < 2:2612556/93‑1 (MQ=255) aTTCAAGATCCATAATGACATAAACATACAAAATCATGAAATAACCTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCCCCTGCCATAAAAGt < 2:2424684/93‑1 (MQ=255) ttCAAGATCCATAATGACATTAACATACAAAATCATGTAATAAACTCGTCAACAGACGCACATACACATAATGCCCCACCTGCCATAAAAGtt > 2:4297519/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |