| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,004,502 | T→C | R49R (CGT→CGC) | ygeW → | putative carbamoyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,004,502 | 0 | T | C | 99.5% | 573.0 / NA | 186 | R49R (CGT→CGC) | ygeW | putative carbamoyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (107/78); minor base G (1/0); total (108/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
AGCATTAAAAGCACTGCGTGCTGAAAACATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGTACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGCACAACAAGATCTCGACGAAGGCAAATCACAAATCGCTCACGGC > NC_000913/3004412‑3004589 | agcaTTAAAAGCACTGCGTGCTGAAAACATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCAc > 1:1205067/1‑93 (MQ=255) aTTAAAAGCACTGCGTGCTGAAAACATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCcacccgcacccg > 2:975745/1‑93 (MQ=255) ttAAAAGCACTGCGTGCTGAAAACATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTAATTCCGTATTCCGCGACAACTCCacccgcacccgc > 2:1446524/1‑93 (MQ=255) ttAAAAGCACTGCGTGCTAAAAACATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCacccgcacccgc > 1:373572/1‑93 (MQ=255) tAAAAGCACTGCGTGCTGAAAACATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCt < 2:2654910/93‑1 (MQ=255) aaaGCACTGCGTGCTGAAAACATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTtc > 2:804237/1‑93 (MQ=255) 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gAAAACATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCcgcg > 1:155615/1‑93 (MQ=255) aaaaCATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCgcgc > 2:1294683/1‑93 (MQ=255) aaCATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCtt > 2:1269308/1‑93 (MQ=255) aCATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTa < 1:3940910/93‑1 (MQ=255) aCATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTa > 1:3863610/1‑93 (MQ=255) cATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTaa > 2:900051/1‑93 (MQ=255) aTCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAAc < 2:2198077/93‑1 (MQ=255) tcAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTg > 2:2979387/1‑93 (MQ=255) 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tCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTg > 2:223506/1‑93 (MQ=255) tCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTg > 2:2295941/1‑93 (MQ=255) cTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGTTTAAACTGCTCGGCCTTGc > 2:3317540/1‑93 (MQ=255) cTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGc < 2:3236507/93‑1 (MQ=255) cTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGc > 1:54234/1‑93 (MQ=255) tttAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGca < 1:259736/93‑1 (MQ=255) tttAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGca > 2:3496720/1‑93 (MQ=255) ttAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGcac > 2:2577186/1‑93 (MQ=255) tAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGcaca > 1:1577321/1‑93 (MQ=255) aTAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGCacaac < 1:2352594/93‑1 (MQ=255) tAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGCacaaca > 2:2059897/1‑93 (MQ=255) aGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGCAcaacaa < 2:1105055/93‑1 (MQ=255) gTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGCACAACAAg > 1:3234770/1‑93 (MQ=255) gTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGCACAACAAg > 1:3477068/1‑93 (MQ=255) gTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCACCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGCACAACAAg < 2:1602982/93‑1 (MQ=255) ggATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGACAACTCCTCCCGCACCCGCTTCTCTTATGCTTCCGCGCTTAACCTGCTCGGCCTTGCACAACAAGAt < 1:4555262/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |