| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 328,027 | T→C | T184A (ACC→GCC) | betI ← | putative transcriptional repressor of bet genes |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 328,027 | 0 | T | C | 98.7% | 234.8 / NA | 77 | T184A (ACC→GCC) | betI | putative transcriptional repressor of bet genes |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (22/54); total (22/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGTTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGTT > NC_000913/327938‑328116 | tgTTCTGCTATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTGAGGGAATTAGCGCGGGcttt > 2:4566426/1‑93 (MQ=255) gTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAAGTAGTGCGGGgtttt > 2:2347458/1‑92 (MQ=255) gTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGGCGGGGGAATAACACGGGgtttt > 2:3312261/1‑92 (MQ=255) ttCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGGGAGGGAATTAGAGCGGGtttttt > 2:3727856/1‑91 (MQ=255) ttCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGGCAGGGAATTAGCGGGGGGTTTA‑t > 2:4236712/1‑93 (MQ=255) cTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCATGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑Tcc < 2:4073627/93‑1 (MQ=255) cTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑Tcc < 2:1283396/93‑1 (MQ=255) tGCCATTCGGGACATCGCGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCa < 2:3045303/93‑1 (MQ=255) tGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCa < 1:4337728/93‑1 (MQ=255) tGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCa < 2:820589/93‑1 (MQ=255) gCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAg < 1:4620865/93‑1 (MQ=255) gCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGGCAGGGAATTAGCGCGGGGTTTA‑TCCAg > 1:811779/1‑93 (MQ=255) ccATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGGCAGGGGATTTGAGGGGGCTTTT‑Tcgctc > 2:348020/1‑89 (MQ=255) ccATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGGCAGGGAATTAGAGCGGGGTTTA‑TCCAgg > 1:3834617/1‑92 (MQ=255) 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gTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGGCAGGGGAATAGCGCGGGGGTTA‑TTCAGC‑CGTTTGCCGCTCagag > 1:4275048/1‑93 (MQ=255) tctcCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGc < 1:4400112/93‑1 (MQ=255) gctcctcGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGc < 2:3862748/92‑1 (MQ=255) ctcctcGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGcc < 2:4520758/93‑1 (MQ=255) ctcctcGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGGCAGGGGATTAGCGCGGGCTTTT‑TTCAGC‑CGGTTTTCGCTCCGAGcc > 2:2869707/1‑93 (MQ=255) cctcGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCcgc < 1:831829/93‑1 (MQ=255) gTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCa < 2:4027493/93‑1 (MQ=255) gTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCa < 2:846836/93‑1 (MQ=255) 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gATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑CCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGc < 1:1495246/93‑1 (MQ=255) gATAAAGTGGCGGGGCAGGGAATTAGCGCGGGGTTTA‑TCCAGC‑GGGTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAAAACATCAATCAAcgccgc > 2:4241061/1‑93 (MQ=255) tAAAGTGGCGGGTCAGGGGATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGGTTTCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCCTAATTCATCAATCAGAGCGGGCa > 2:4526437/1‑93 (MQ=255) aaaGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TTCAGC‑GGGTTTCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGcccg > 2:2392156/1‑91 (MQ=255) aaaGTGGCGGGCCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GTTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAg < 2:152917/93‑1 (MQ=255) aaaCTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCCCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAg < 1:3876762/93‑1 (MQ=255) ggggCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGTTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGcc < 2:4072227/91‑1 (MQ=255) ggCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGt > 2:462063/1‑93 (MQ=255) 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ttAGCGCGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCtgt > 2:2607551/1‑93 (MQ=255) gcgcGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGcc > 1:350379/1‑93 (MQ=255) gcgcGGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGcc > 1:2336431/1‑93 (MQ=255) cgGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGGCAGGCCGTAGCCCGCTTACTGTGCCTGt > 2:1365138/1‑93 (MQ=255) cgGGCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCCCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGt < 2:76270/93‑1 (MQ=255) gggCTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGtt < 1:3063323/93‑1 (MQ=255) | TGTTCTGCCATTCGGGACATCACGTCTCCTCGGTTAATCGGTGGGTAGATGCTGAGTGATAAAGTGGCGGGTCAGGGAATTAGCGCGGGTTTTA‑TCCAGC‑GGTTTGCCGCTCAGAGCCGCGCGCAGCCATAATCCATCAATCAGCGCGGCCAGGCCGTAGCCCGCTTCCTGTGCCTGTT > NC_000913/327938‑328116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |