| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,251,675 | A→G | R60R (CGT→CGC) | yhaJ ← | putative transcriptional regulator LYSR‑type |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,251,675 | 0 | A | G | 99.5% | 662.4 / ‑5.2 | 213 | R60R (CGT→CGC) | yhaJ | putative transcriptional regulator LYSR‑type |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (117/95); total (118/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
AGCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTACGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCC > NC_000913/3251585‑3251762 | cTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGAt < 2:1848825/93‑1 (MQ=255) tCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATgg < 2:1215480/93‑1 (MQ=255) cGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGcc > 2:4002767/1‑93 (MQ=255) gCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGccc > 2:1500199/1‑93 (MQ=255) aTCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGa < 2:3530139/93‑1 (MQ=255) aTCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGa < 1:1003492/93‑1 (MQ=255) tCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAg > 1:1538506/1‑93 (MQ=255) tCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAg < 1:3656733/93‑1 (MQ=255) tCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAg < 1:1796126/93‑1 (MQ=255) tCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAg > 1:1877851/1‑93 (MQ=255) cAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGc > 2:3443959/1‑93 (MQ=255) cAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGc < 2:3005880/93‑1 (MQ=255) gtagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCGAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCGCCCGACATTGGTCAGTTTGGTGCGATGGCCCGAGCgg > 2:3035901/1‑93 (MQ=255) tagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGt > 1:2886313/1‑93 (MQ=255) tagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGt > 2:4278872/1‑93 (MQ=255) tagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTACCGACATTGGCGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCggc > 2:3811480/1‑92 (MQ=255) gtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCa > 1:780219/1‑93 (MQ=255) gtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCa > 2:1302634/1‑93 (MQ=255) gtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCa > 1:3462991/1‑93 (MQ=255) cAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCaaa < 2:2758973/93‑1 (MQ=255) cAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCaaa < 1:1576545/93‑1 (MQ=255) cAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACACCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCaaa < 1:2939189/93‑1 (MQ=255) aGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAAc > 2:2451421/1‑93 (MQ=255) aGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAAc < 1:1919844/93‑1 (MQ=255) aGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAAc > 2:1613905/1‑93 (MQ=255) gTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACa > 1:1388909/1‑93 (MQ=255) tttATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAg < 2:3383921/93‑1 (MQ=255) ttATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGc > 1:1185043/1‑93 (MQ=255) tATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcc > 2:11368/1‑92 (MQ=255) tGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcaccac < 1:2631675/93‑1 (MQ=255) tCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGc > 1:4571813/1‑93 (MQ=255) ccAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGct < 2:1676296/93‑1 (MQ=255) cAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGctc > 1:269586/1‑93 (MQ=255) aGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGTCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGctct < 2:3096887/93‑1 (MQ=255) cAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCtcttc < 1:65165/93‑1 (MQ=255) aaaaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCtcttct > 2:2190801/1‑93 (MQ=255) aaaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTcttctt < 1:1095237/93‑1 (MQ=255) aaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGTCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCttcttc < 1:1981027/93‑1 (MQ=255) 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ttGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGc < 2:3634611/93‑1 (MQ=255) ggTGAATTTGGTGCGATGTCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAc < 2:2025821/93‑1 (MQ=255) ggTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAc < 1:1402753/93‑1 (MQ=255) ggTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAc < 1:3001841/93‑1 (MQ=255) ggTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAc > 2:4565703/1‑93 (MQ=255) ggTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAc > 2:2623704/1‑93 (MQ=255) tGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgc < 1:3727391/93‑1 (MQ=255) gAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcg < 1:4641949/93‑1 (MQ=255) aaTTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcgc > 2:685226/1‑92 (MQ=255) aTTTGGTGCGATGTCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTTCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGTCACGCGTc < 2:608505/93‑1 (MQ=255) aTTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTc < 1:3112657/93‑1 (MQ=255) tttGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTcc > 2:3948814/1‑93 (MQ=255) tttGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTcc > 1:4095441/1‑93 (MQ=255) tttGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTcc > 2:3489905/1‑93 (MQ=255) | AGCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTACGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCC > NC_000913/3251585‑3251762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |