| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,316,106 | A→G | intergenic (‑176/‑172) | metY ← / → argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,316,106 | 0 | A | G | 99.5% | 683.3 / NA | 215 | intergenic (‑176/‑172) | metY/argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (113/100); total (114/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
TGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATG > NC_000913/3316016‑3316195 | tGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCt < 2:4605533/93‑1 (MQ=255) cAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCttt < 1:1505327/93‑1 (MQ=255) cAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCttt > 1:4026011/1‑93 (MQ=255) cAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCttt > 2:3053183/1‑93 (MQ=255) aGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCtttt > 2:1053285/1‑93 (MQ=255) aGGCATTATAGTGAGCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCtttt < 1:3193337/93‑1 (MQ=255) ggCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTg > 1:3607867/1‑93 (MQ=255) cATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATTAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGcc < 2:401194/93‑1 (MQ=255) aTTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCt > 1:1833170/1‑93 (MQ=255) ttATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCtt > 2:3771022/1‑93 (MQ=255) ttATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCtt > 1:4631208/1‑93 (MQ=255) ataGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTtct < 1:3858087/93‑1 (MQ=255) taGTGATCCACGCCACGTTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTtctc > 2:3474620/1‑93 (MQ=255) aGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTcc < 2:1085357/93‑1 (MQ=255) tGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTg > 1:2753734/1‑93 (MQ=255) tGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTg < 2:4080608/93‑1 (MQ=255) gATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGc < 1:4547184/93‑1 (MQ=255) tCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGctc < 2:1129740/93‑1 (MQ=255) cACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCtctc < 1:1890442/93‑1 (MQ=255) cACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCtctc > 2:279784/1‑93 (MQ=255) cACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCtctc > 2:2148115/1‑93 (MQ=255) aCGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTcc > 1:2796381/1‑93 (MQ=255) aCGCCACATTTTGTCAACGATTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTcc > 2:4541753/1‑93 (MQ=255) tccACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCt < 1:1682207/92‑1 (MQ=255) gCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCt < 2:958069/93‑1 (MQ=255) gCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCt > 1:2259990/1‑93 (MQ=255) ccACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCtt > 1:2475515/1‑93 (MQ=255) ccACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCtt > 1:1926696/1‑93 (MQ=255) aTTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAgc > 1:3974911/1‑93 (MQ=255) aTTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAgc > 2:3948579/1‑93 (MQ=255) ttGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCa > 1:2912816/1‑93 (MQ=255) tGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCat < 2:2453648/93‑1 (MQ=255) gTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCatt < 2:1587525/93‑1 (MQ=255) gTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCatt < 2:3875348/93‑1 (MQ=255) tCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCatta > 2:2493608/1‑93 (MQ=255) cAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCattat < 2:2948417/93‑1 (MQ=255) cAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCattat > 2:350320/1‑93 (MQ=255) aaCGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCattatt < 1:3661515/93‑1 (MQ=255) aaCGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCattatt > 2:1494120/1‑93 (MQ=255) aaCGTTTATTACTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCattatt < 2:649512/93‑1 (MQ=255) aCGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTAttt > 2:3078055/1‑93 (MQ=255) gTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTa < 1:3248494/93‑1 (MQ=255) tttATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTAc < 1:3046489/93‑1 (MQ=255) tttATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTAc > 2:1267178/1‑93 (MQ=255) ttATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACa < 2:824901/93‑1 (MQ=255) tATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACaa > 2:4651092/1‑93 (MQ=255) aTTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACaaa > 2:1561799/1‑93 (MQ=255) ttGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACaaaa < 2:3709560/93‑1 (MQ=255) gCTAATCATGTGATTGCCTATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCATAACGCGCATTATTTTACaaaaaa < 2:4687733/93‑1 (MQ=255) gCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACaaaaaa < 2:4461988/93‑1 (MQ=255) tAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAaca > 1:3181252/1‑93 (MQ=255) tAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAaca > 1:1569343/1‑93 (MQ=255) aaTCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAacac > 1:2514595/1‑93 (MQ=255) tCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCCCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAacacac < 2:3177785/93‑1 (MQ=255) cATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACt < 2:3659966/93‑1 (MQ=255) cATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACt > 2:3788962/1‑93 (MQ=255) aTGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTa < 1:488803/93‑1 (MQ=255) aTGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTa > 2:3058047/1‑93 (MQ=255) tgtgAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTaa < 1:4131617/93‑1 (MQ=255) gtgAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTaaa < 1:4670823/93‑1 (MQ=255) gtgAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTaaa < 2:850034/93‑1 (MQ=255) aatgaatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAActc < 1:3916846/93‑1 (MQ=255) aatgaatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAActc > 2:2890313/1‑93 (MQ=255) atgaatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAActct > 1:1192514/1‑93 (MQ=255) gaatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTc < 1:4654937/93‑1 (MQ=255) aatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTcc < 2:1829538/93‑1 (MQ=255) aatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTcc < 2:1633877/93‑1 (MQ=255) aatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTcc > 2:4319287/1‑93 (MQ=255) atatCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCt > 1:3761128/1‑93 (MQ=255) atatCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCt > 2:2971524/1‑93 (MQ=255) tatCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTg > 1:950032/1‑93 (MQ=255) tCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGtc < 1:1602524/93‑1 (MQ=255) tCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGtc > 1:581467/1‑93 (MQ=255) ccAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGtct < 1:3370642/93‑1 (MQ=255) cAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGtctc > 1:3536406/1‑93 (MQ=255) cAGTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGtctc < 1:3080899/93‑1 (MQ=255) gTTCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCg > 1:4410051/1‑93 (MQ=255) ttCACTTTCATTTGTTGAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGa > 2:539224/1‑93 (MQ=255) 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tgAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTaaa < 1:631822/93‑1 (MQ=255) tgAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTaaa < 2:4666175/93‑1 (MQ=255) gAATTCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAACCTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAAt < 2:767956/93‑1 (MQ=255) gAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAAt > 2:1741247/1‑93 (MQ=255) gAATGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAAt > 1:105633/1‑93 (MQ=255) aaTGCTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATg > 2:2038182/1‑93 (MQ=255) | TGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATG > NC_000913/3316016‑3316195 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |